جلب التسلسل الجيني بكفاءة في بيثون؟

Question

كيف يمكنني جلب التسلسل الجيني بكفاءة باستخدام Python؟ على سبيل المثال ، من ملف .fa أو بعض التنسيق الذي تم الحصول عليه بسهولة؟ أريد أساسًا واجهة Fetch_seq (كروم ، حبلا ، ابدأ ، نهاية) والتي ستعيد التسلسل [start ، end] على الكروموسوم المحدد على حبلا محدد.

بشكل مماثل ، هل هناك واجهة بيثون برمجية للحصول على درجات phastcons؟

شكرًا.

Answer 1

انظر إجابتي على سؤالك في Biostar:

http://biostar.stackexchange.com/questions/1639/getting-genomic-equences-and-phastcons-scores-using-python-frombl-ucsc

استخدم seqio مع ملفات fasta وستحصل على كائنات السجل لكل عنصر في الملف. ثم يمكنك أن تفعل:

region = rec.seq[start:end]

لسحب الشرائح. الشيء الجميل في استخدام مكتبة قياسية هو أنه لا داعي للقلق بشأن فترات الفواصل في ملف Fasta الأصلي.

Answer 2

يمكن أن يكون استرداد بيانات التسلسل من ملفات الكروموسوم البشرية الكبيرة غير فعالة للذاكرة ، لذلك إذا كنت تبحث عن الكفاءة الحسابية ، فيمكنك تنسيق بيانات التسلسل إلى سلسلة ثنائية معبأة والبحث بناءً على موقع البايت. كتبت إجراءات للقيام بذلك في بيرل (متاح هنا ) ، والبيثون لديه نفس الشيء حزمة وتفريغ الروتين - لذلك يمكن القيام بذلك ، ولكن يستحق ذلك فقط إذا كنت تتجول في مشكلة مع ملفات كبيرة على جهاز محدود. وإلا استخدم Biopython Seqio

Answer 3

ألق نظرة على Biopython, ، والتي لديها دعم للعديد من تنسيقات تسلسل الجينات. على وجه التحديد ، لديها دعم ل ملفات Fasta و GenBank, ، على سبيل المثال لا الحصر.

Answer 4

pyfasta هي الوحدة التي تبحث عنها. من الوصف

وصول سريع وفعال الذاكرة ، والثاني (خط الأوامر) إلى ملفات تسلسل fasta

https://github.com/brentp/pyfasta