轻松安装新版本 R 的方法？

Question

Andrew Gelman 最近对 R 缺乏简单的升级过程表示遗憾 （可能在 Windows 上比 Linux 上更相关）。有谁有进行升级的好技巧，从安装软件到复制所有设置/包？

这个建议包含在评论中，也是我最近一直在使用的。首先安装新版本，然后在旧版本中运行：

#--run in the old version of R
setwd("C:/Temp/")
packages <- installed.packages()[,"Package"]
save(packages, file="Rpackages")

新版本中是这样的：

#--run in the new version
setwd("C:/Temp/")
load("Rpackages")
for (p in setdiff(packages, installed.packages()[,"Package"]))
install.packages(p)

Answer 1

为了完整起见，有一些方法可以防止您遇到此问题。正如Dirk所说，将包保存在计算机上的另一个目录中。

install.packages("thepackage",lib="/path/to/directory/with/libraries")

您也可以使用函数 .libPaths 更改默认的 .Library 值

.libPaths("/path/to/directory/with/libraries")

这会将此路径作为 .Library 变量中的第一个值，并使其成为默认值。

如果要进一步自动化，可以在Rprofile.site文件中指定它，您可以在R build的/ etc /目录中找到它。然后每次加载时它都会自动加载，你不必再担心了。您只需从指定目录安装和加载包即可。

最后，我的Rprofile.site中包含一些小代码，允许我在安装新R版本时重新安装所有软件包。您只需要在之前列出，然后再更新到新的R版本。我使用包含所有包的更新列表的.RData文件。

library(utils)

## Check necessary packages
load("G:\Setinfo\R\packagelist.RData") # includes a vector "pkgs"
installed <- pkgs %in% installed.packages()[, 'Package']
if (length(pkgs[!installed]) >=1){
  install.packages(pkgs[!installed])
}

我通过在Rprofile.site中指定 .Last（）来制作packagelist.RData。如果我安装了一些包，则更新包列表：

.Last <- function(){
  pkgs <- installed.packages()[,1]
  if (length(pkgs) > length(installed)){
    save(pkgs,file="G:\Setinfo\R\packagelist.RData")
  }
}

当我安装新的R版本时，我只需将必要的元素添加到Rprofile.site文件中，然后重新安装所有软件包。无论如何我必须调整Rprofile.site（使用和比，为Tinn-R添加额外的代码，这些东西），所以这不是真正的额外工作。它只需要额外的时间来重新安装所有软件包。

最后一位相当于原始问题中给出的解决方案。我只是不用担心得到“已安装”的信息。先列出。

同样，如果您的软件包未从CRAN安装，则无法完美运行。但是这个代码很容易扩展，包括那些代码。

Answer 2

这当然是一个老问题，但我可能会找到一个新的简单答案（仅适用于Windows）。

install.packages("installr")
require(installr)
updateR()

这样做的最佳方式是来自RGui系统。您的所有包都将被转移到新文件夹，旧文件夹将被删除或保存（您也可以选择）。 然后，再次打开RStudio后，它会立即识别出您使用的是更新版本。对我来说，这就像一个魅力，

有关{installr}的更多信息。

西蒙

Answer 3

两个快速建议：

1. 使用Gabor的批量文件，据说这些文件包含有助于解决问题的工具。这个批量库重定位。警告：我没有使用它们。

2. 不要在已安装的R版本的“filetree”中安装库。在Windows上，我可以将R放入C：/ opt / R / R- $版本，但是使用以下代码段将所有库放入C：/ opt / R / library /，因为它首先解决了问题：

$ cat .Renviron         # this is using MSys/MinGW which looks like Cygwin  
## Example .Renviron on Windows    
R_LIBS="C:/opt/R/library"

Answer 4

如果您的软件包不是来自CRAN，则上述方法将无法完全发挥作用。例如，从非CRAN站点下载的个人包或包。

我在Windows上的首选方法（将2.10.1升级到2.11.0）：

1. 安装R-2.11.0
2. 将 R-2.10.0 / library / * 复制到 R-2.11.0 / library /
3. 回答“否”提示问你是否可以覆盖。
4. 启动R 2.11.0
5. 运行R命令 update.packages（）

Answer 5

对于问题中给出的解决方案，如果您已经安装了新版本，则运行旧版本的 R 可能并不容易。在这种情况下，您仍然可以重新安装先前 R 版本中所有缺失的软件包，如下所示。

# Get names of packages in previous R version
old.packages <- list.files("/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library")

# Install packages in the previous version. 

# For each package p in previous version...
    for (p in old.packages) {
      # ... Only if p is not already installed
      if (!(p %in% installed.packages()[,"Package"])) {
        # Install p 
        install.packages(p) 
      }
    }

（请注意，参数 list.files() 第一行代码中应该是之前 R 版本的库目录的路径，其中包含之前版本中包的所有文件夹。在我目前的情况下，这是 "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library". 。如果您之前的 R 版本不是 3.2，或者您使用的是 Windows，则情况会有所不同。）

这 if 声明确保包是 不是 安装如果

• 它已经安装在新的 R 版本中，或者
• 已作为先前迭代中安装的包的依赖项安装 for 环形。

Answer 6

遵循Dirk的建议，这里有一些R代码在Windows上执行：如何在Windows XP上轻松升级R

更新（15.04.11）：我写了另一篇关于这个主题的文章，解释了如何处理在Windows 7上升级R

Answer 7

两个选项：

1. 实施我的回答此处
2. 如果您在Eclipse下使用R和StatET，请打开运行配置，单击控制台选项卡，然后在启动后名为 R片段运行的框中使用您选择的目录添加此行： .libPaths（＆quot; C：/ R / library＆quot;）

Answer 8

我在Windows 8上，出于某些奇怪的原因，我永远无法使用我的互联网连接安装软件包。

我通常使用CRAN的.zip文件安装它。

从R 3.2.5到R 3.3.1。

我只是从

复制了包

C：\ Path \ to \ packa \ R \ win-library \ 3.2 to C：\ Path \ to \ packa \ R \ win-library \ 3.3

然后我重新启动了R会话。工作得很完美。 我没有检查是否所有包都运行良好。 但是，我检查的那些工作得非常好。 希望这个黑客适用于所有人。

干杯。

Answer 9

如果你有先见之明，接受的答案可能会有效，但我已经摆脱了旧版本，所以无法按照这些指示行事。 下面描述的步骤适用于从2.1和3.1升级的OSX。

更新：要获取最新版本的目录（而不是键入3.1或3.2），您可以使用以下命令。第二个直接转换为R变量，跳过。和 .. 和 .DS_Store ，使用：

OLD=$(ls -d /Library/Frameworks/R.framework/Versions/*.* |tail -n 2 | head -n 1)Resources/library/
echo "packages = c(\"`ls $OLD | tail +4| paste -s -d ',' - | sed -E 's|,|\",\"|'g`\")" | tr -d "/" 

（将 | pbcopy 添加到最后，将其直接复制到Mac剪贴板）

然后在 R 中，您可以粘贴生成的变量。一旦在新版本的R中定义了它，您就可以按照上面的说明遍历已安装的软件包......

for (p in setdiff(packages, installed.packages()[,"Package"]))
   install.packages(p, dependencies=TRUE, quiet=TRUE, ask=FALSE)

Answer 10

对我来说这个页面很好 https ：//www.r-statistics.com/2013/03/updating-r-from-r-on-windows-using-the-installr-package/ 要么 另一种选择就是安装新选项，最后你可以放置，例如在我的电脑的窗口中

.libPaths（C（ ＆QUOT; d：/Documents/R/win-library/3.2" ;, “C：/ Program Files / R / R-3.2.3 / library”， “C：/ Program Files / R / R-3.2.0 / library”， ＆QUOT; d：/Documents/R/win-library/2.15" ）

在我的案例的最后一个版本的每个路径我总是把第一个路径是“D：/Documents/R/win-library/3.2"这是固定的 然后我把另一个因为你不需要复制或移动任何包，在我的sugest中只是称之为

Answer 11

linux + bash + debian + apt 用户：

1. 如果您正在安装/升级到最新版本的 R ，那么我们可能会假设您拥有 root 权限。 （不是必需的，只是简化了流程;为了保持一致性，下面的脚本使用 sudo 进行所有安装。） 由于 root 包也是由 root 安装的，因此允许将它们放在 / usr / local / 中。

2. 下面对 curl 的调用假设您已经对 R 的 sid 版本感兴趣，最新的不稳定的版本（在构建/检查 R 包时需要），即

   cat /etc/apt/sources.list | grep'sid'||退出1

   虽然这很容易被最近的稳定版本取代，例如<代码>克星。

3. 请注意，我不使用键，因为通常建议使用。这不是必需的，特别是如果（如下面的脚本中）我们在 R 本身（下面的 Rscript -e ）中安装包。而且，这种键每隔几年就有破坏/变化的趋势。因此，您当然欢迎将以下前言添加到以下文件 R.sh 中：

   sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com \       --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9

4. R 软件包的数组显然不是详尽无遗的，但提供了一些我认为有用的示例。使用 debian 包进行全新安装/升级 r-recommended ，如下所示，应该提供所有标准“推荐”软件包的最新版本（例如 survival ）。我相信CRAN版本与相关 debian 包的更新之间可能存在轻微的延迟。因此，如果必须使用最新版本的“推荐” R 包，您可能希望将其中一些添加到 array 中。

5. 以下流程中安装的 debian 软件包也不是必需的（使用 r-base ），也不是详尽无遗的不。 '附加组件'对于合理的号码很重要。 R 包。

无论如何......将以下内容放在 R.sh ：

中

sudo apt update && sudo apt --yes full-upgrade
sudo apt install --yes libappstream4 curl
### ov1 = online version; lv1 = local version (i.e. currently installed)
ov1=$(curl --silent --url https://packages.debian.org/sid/r-base |
    grep 'meta name=\"Keywords\"' |
    grep --only-matching '[0-9].*[0-9]') ; echo $ov1
## command -v = print a description of COMMAND similar to the `type' builtin
## && = if prior command succeeds, then do; || = if prior fails, then do
command -v 'R --version' &&
    lv1=$(R --version |
              grep --only-matching '[0-9\.]*[0-9]' |
              ## || = otherwise
              head -1) ||
        lv1=0
## 'lt' = less than
if dpkg --compare-versions "$lv1" 'lt' "$ov1" 
then ## declare -a = indexed array
     declare -a deb1=('r-base' 'r-base-dev' 'r-recommended')
     for i in "${deb1[@]}"
     do sudo apt install --yes "$i"
     done
fi
### certain Debian packages are required by 'R' so best have these first
sudo apt install --yes ccache libcairo2-dev libxml2-dev libcurl4-openssl-dev \
     libssl-dev liblapack-dev libssl-dev
declare -a pkg1=('data.table' 'ggplot2' 'knitr' 'devtools' 'roxygen2')
## installing as 'root' so these are installed in
Rscript -e ".libPaths()[1]"
for i in "${pkg1[@]}"
do sudo Rscript -e "install.packages('$i', dependencies=TRUE)"
done
### other useful additions
sudo apt install --yes libblas-dev libboost-dev libarmadillo-dev \
     jags pandoc pandoc-citeproc 
sudo apt update && sudo apt full-upgrade

然后执行它，例如在目录中假设： source R.sh 。

在shell的循环中安装软件包（无论是 debian 还是 R ）逐个是有些低效的，但允许更简单跟踪错误，恕我直言。可能需要一些时间，具体取决于没有。的 R 包，所以也许最简单的让我们一夜之间运行......