R：APE/Thylobase：无法将超级，二进制树转换为hclust对象（警告消息）

Question

我使用APE函数在R中导入了Clustalw2树，并且 read.tree APE软件包的功能。我使用计时函数估算分子年龄，从而导致超二元树。我想从中创建一个R构建在树状图对象中。

树木绘制好，是一个真正的phylo对象。但是，我在尝试转换时遇到问题：

最小工作示例：

require(ape)
test.tree <- read.tree(file = "testree.phylip", text = NULL, tree.names = NULL, skip = 0,
    comment.char = "#", keep.multi = FALSE)

test.tree.nu <- chronopl(test.tree, 0, age.min = 1, age.max = NULL,
node = "root", S = 1, tol = 1e-8,
CV = FALSE, eval.max = 500, iter.max = 500)

is.ultrametric(test.tree.nu)
is.binary.tree(test.tree.nu)
treeclust <- as.hclust.phylo(test.tree.nu)

生成的树“看起来”很好，我测试以确保树不是超级和二进制的，并希望将其转换为Hclust对象，以最终使其成为其树状图。

> is.binary.tree(test.tree.nu)
[1] TRUE
> is.ultrametric(test.tree.nu)
[1] TRUE

在尝试将Hclust对象从树中取出后，我得到了一个错误：

> tree.phylo <- as.hclust.phylo(test.tree.nu)
Error in if (tmp <= n) -tmp else nm[tmp] : 
  missing value where TRUE/FALSE needed
In addition: Warning message:
In nm[inode] <- 1:N :
  number of items to replace is not a multiple of replacement length

我意识到这是一个非常详细的问题，也许与某些包裹特别相关的此类问题更好地问到其他地方，但我希望有人能够帮助我。

所有的帮助都非常感谢

问候，

文件下载

Phylip文件可以在此处下载http://www.box.net/shared/rnbdk973ja

Answer 1

我可以在Linux上使用R 2.12.1 beta（2010-12-07 R53808）下的APE版本2.6-2重现此版本，但是您的代码在APE的2.5-3版本中起作用。

这表明一个错误已进入包装中，您应该将问题告知开发人员以寻求专家建议。维护者伊曼纽尔·帕拉迪斯（Emmanuel Paradis）的电子邮件地址正在 猿的克兰包装

Answer 2

看来问题是Chronopl返回一棵树，该树是未根除的，或者具有多重根的根（取决于其解释方式）。另外AS.hclust.phylo有/无用的错误消息。

这个：

modded.tree <- drop.tip(test.tree.nu,c(
'An16g06590','An02g12505','An11g00390','An14g01130'))

从根部降下的三个进化枝之一中去除所有尖端，从而

is.ultrametric(modded.tree)
is.binary.tree(modded.tree)
is.rooted(modded.tree)

所有人都回来了，你可以做

treeclust <- as.hclust.phylo(modded.tree)

. 。尽管我认为您确实想要一个代表多构成树的Hclust对象，尽管Hclust对象可以处理这些对象，但由于某种原因，AS.hclust.phylo（来自软件包的'ape'）不起作用。如果您知道一种将newick文件导入hclust对象的方法，那可能是一种前进的道路-Ade有Will.Tree（）生成Newick文件。