Sie haben es selbst gesagt, es passiert, weil das zusammengesetzte Programm immer noch läuft.
In Windows können Sie beim Ausführen keine Änderungen an der EXE -Datei eines Programms vornehmen.
Es ist fantastisch ärgerlich und eines dieser Dinge, die (für mich) Windows etwas weniger bequem machen als z. B. Linux für die Entwicklung.