hojas cambio Dendrograma

Question

I desea modificar las propiedades de las hojas en un dendrograma producido a partir de parcela de un objeto hclust. Mínimamente, quiero cambiar los colores, pero cualquier ayuda que puede proporcionar será apreciada.

Me trató de google la respuesta, pero pero cada solución que vi parecía mucho más difícil de lo que hubiera imaginado.

Answer 1

Hace un tiempo, Joris Meys amablemente me proporcionó este fragmento de código que cambia el color de las hojas. Modificarlo para reflejar sus atributos.

clusDendro <- as.dendrogram(Clustering)
labelColors <- c("red", "blue", "darkgreen", "darkgrey", "purple")

## function to get colorlabels
colLab <- function(n) {
   if(is.leaf(n)) {
       a <- attributes(n)
       # clusMember - a vector designating leaf grouping
       # labelColors - a vector of colors for the above grouping
       labCol <- labelColors[clusMember[which(names(clusMember) == a$label)]]
       attr(n, "nodePar") <- c(a$nodePar, lab.col = labCol)
   }
   n
}

## Graph
clusDendro <- dendrapply(clusDendro, colLab)
op <- par(mar = par("mar") + c(0,0,0,2))
plot(clusDendro,
     main = "Major title",
     horiz = T, type = "triangle", center = T)

par(op)

Answer 2

Aquí es una solución para esta cuestión utilizando un nuevo paquete llamado " dendextend ", construida exactamente para este tipo de cosas.

Se puede ver muchos ejemplos en las presentaciones y viñetas del paquete, en la sección "uso" en el siguiente URL: https://github.com/talgalili/dendextend

Aquí está la solución para esta pregunta:

# define dendrogram object to play with:
dend <- as.dendrogram(hclust(dist(USArrests[1:3,]), "ave"))
# loading the package
install.packages('dendextend') # it is now on CRAN
library(dendextend)# let's add some color:
labels_colors(dend) <- 2:4
labels_colors(dend)
plot(dend)

Answer 3

No está claro lo que quiere usarlo para, pero a menudo es necesario para identificar una rama en un dendrograma. He hackeado el método rect.hclust para añadir una entrada de densidad y la etiqueta.

lo llamaría así:

k <- 3 # number of branches to identify
labels.to.identify <- c('1','2','3')
required.density <- 10 # the density of shading lines, in lines per inch 

rect.hclust.nice(tree, k, labels=labels.to.identify, density=density.required)

Esta es la función

rect.hclust.nice = function (tree, k = NULL, which = NULL, x = NULL, h = NULL, border = 2, 
    cluster = NULL,  density = NULL,labels = NULL, ...) 
{
    if (length(h) > 1 | length(k) > 1) 
        stop("'k' and 'h' must be a scalar")
    if (!is.null(h)) {
        if (!is.null(k)) 
            stop("specify exactly one of 'k' and 'h'")
        k <- min(which(rev(tree$height) < h))
        k <- max(k, 2)
    }
    else if (is.null(k)) 
        stop("specify exactly one of 'k' and 'h'")
    if (k < 2 | k > length(tree$height)) 
        stop(gettextf("k must be between 2 and %d", length(tree$height)), 
            domain = NA)
    if (is.null(cluster)) 
        cluster <- cutree(tree, k = k)
    clustab <- table(cluster)[unique(cluster[tree$order])]
    m <- c(0, cumsum(clustab))
    if (!is.null(x)) {
        if (!is.null(which)) 
            stop("specify exactly one of 'which' and 'x'")
        which <- x
        for (n in 1L:length(x)) which[n] <- max(which(m < x[n]))
    }
    else if (is.null(which)) 
        which <- 1L:k
    if (any(which > k)) 
        stop(gettextf("all elements of 'which' must be between 1 and %d", 
            k), domain = NA)
    border <- rep(border, length.out = length(which))
    labels <- rep(labels, length.out = length(which))
    retval <- list()
    for (n in 1L:length(which)) {
        rect(m[which[n]] + 0.66, par("usr")[3L], m[which[n] + 
            1] + 0.33, mean(rev(tree$height)[(k - 1):k]), border = border[n], col = border[n], density = density, ...)
        text((m[which[n]] + m[which[n] + 1]+1)/2, grconvertY(grconvertY(par("usr")[3L],"user","ndc")+0.02,"ndc","user"),labels[n])
        retval[[n]] <- which(cluster == as.integer(names(clustab)[which[n]]))
    }
    invisible(retval)
}