Esto es porque es un else if
en vez de if
s. Una vez que el primero está satisfecho, no está revisando a los demás. Cambie el orden en el que verifica estos. Entonces algo como
if (cb1.isChecked() && cb2.isChecked()) {
a="abc";
}
else if(cb1.isChecked()) {
a="pqr";
}
else if(cb2.isChecked()){
a="asd";
}
else{
a="xyz";
}