Comment exporter des données de package ROCR
Question
Je suis en train d'exporter des données biométriques à partir d'une analyse à l'aide du paquet ROCR. Voici le code que je l'ai fait jusqu'à présent:
pred = performance(Matching.Score,Distribution)
perf = prediction(pred,"fnr", "fpr")
An object of class “performance”
Slot "x.name":
[1] "False positive rate"
Slot "y.name":
[1] "False negative rate"
Slot "alpha.name":
[1] "Cutoff"
Slot "x.values":
[[1]]
[1] 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000
[15] 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000
......
Slot "y.values":
[[1]]
[1] 1.00000 0.99999 0.99998 0.99997 0.99996 0.99995
[15] 0.99986 0.99985 0.99984 0.99983 0.99982 0.99981
......
Slot "alpha.values":
[[1]]
[1] Inf 1.0427800 1.0221150 1.0056240 1.0032630 0.9999599
[12] 0.9644779 0.9633058 0.9628996 0.9626501 0.9607665 0.9605930
.......
Il en résulte plusieurs machines à sous. Je voudrais exporter les valeurs résultantes dans un fichier texte pour la modification Excel à l'aide:
write(pred, "filename")
Cependant, lorsque je tente d'écrire le fichier, je reçois une erreur indiquant:
Error in cat(list(...), file, sep, fill, labels, append) :
argument 1 (type 'S4') cannot be handled by 'cat'
Y at-il moyen de contourner cela?
Je vous remercie des conseils. Je vous remercie!
Matt Peterson
La solution
Vérifiez la structure de classe des résultants S4 avec des objets str
, extraire les variables pertinentes pour construire une trame de données et utiliser write.table
/ write.csv
pour exporter les résultats. Par exemple, pour la pred
de prédiction:
R> library("ROCR")
R> data(ROCR.simple)
R> pred <- prediction(ROCR.simple$predictions, ROCR.simple$labels)
R> perf <- performance(pred, "fnr", "fpr")
R> str(pred)
Formal class 'prediction' [package "ROCR"] with 11 slots
..@ predictions:List of 1
.. ..$ : num [1:200] 0.613 0.364 0.432 0.14 0.385 ...
..@ labels :List of 1
.. ..$ : Ord.factor w/ 2 levels "0"<"1": 2 2 1 1 1 2 2 2 2 1 ...
..@ cutoffs :List of 1
.. ..$ : num [1:201] Inf 0.991 0.985 0.985 0.983 ...
..@ fp :List of 1
.. ..$ : num [1:201] 0 0 0 0 1 1 2 3 3 3 ...
..@ tp :List of 1
.. ..$ : num [1:201] 0 1 2 3 3 4 4 4 5 6 ...
..@ tn :List of 1
.. ..$ : num [1:201] 107 107 107 107 106 106 105 104 104 104 ...
..@ fn :List of 1
.. ..$ : num [1:201] 93 92 91 90 90 89 89 89 88 87 ...
..@ n.pos :List of 1
.. ..$ : int 93
..@ n.neg :List of 1
.. ..$ : int 107
..@ n.pos.pred :List of 1
.. ..$ : num [1:201] 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 ...
..@ n.neg.pred :List of 1
.. ..$ : num [1:201] 200 199 198 197 196 195 194 193 192 191 ...
R> write.csv(data.frame(fp=pred@fp, fn=pred@fn), file="result_pred.csv")
et pour la performance perf
:
R> str(perf)
Formal class 'performance' [package "ROCR"] with 6 slots
..@ x.name : chr "False positive rate"
..@ y.name : chr "False negative rate"
..@ alpha.name : chr "Cutoff"
..@ x.values :List of 1
.. ..$ : num [1:201] 0 0 0 0 0.00935 ...
..@ y.values :List of 1
.. ..$ : num [1:201] 1 0.989 0.978 0.968 0.968 ...
..@ alpha.values:List of 1
.. ..$ : num [1:201] Inf 0.991 0.985 0.985 0.983 ...
R> write.csv(data.frame(fpr=perf@x.values,
fnr=perf@y.values,
alpha.values=perf@alpha.values),
file="result_perf.csv")