使用できるはずだと思います OpenMappedMachineConfiguration
ConfigurationManagerのメソッドを使用して、特定のマシン構成ファイルを開きます。
var path = "path to desired machine config";
ConfigurationFileMap cfm = new ConfigurationFileMap(path);
Configuration config = ConfigurationManager.OpenMappedMachineConfiguration(cfm);
この方法の詳細については、こちらをご覧ください。http://msdn.microsoft.com/en-us/library/system.configuration.configurationmanager.openmappymachineconfiguration(v=vs.110).aspx