問題は、32ビットCygwinで64ビットウィンドウを使用していたことでした。どうやら32ビットCygwinは32ビットファイルしか表示できませんが、64ビットCygwinはすべてのファイルを表示できます。
ソース: http://cygwin.com/ml/cygwin/2006-01/msg00444.html
これは、64ビット環境で実行されている32ビットすべてのアプリケーションすべてに当てはまる場合があります。現在の64ビットマシンでアプリケーションが実行される予定の場合、多くの32ビットアプリケーションが64ビットにアップグレードするもう1つの理由。