Você precisa garantir que o EE saiba onde seus modelos estão localizados.
Entre no seu painel de controle e navegue para: Design -> Modelos -> Preferências Globais
Altere as configurações para Save Templates as Files
para Yes
e depois mude Server path to site's templates
ao local dos arquivos de modelo que você adicionou.
Normalmente eu criaria uma nova pasta: /themes/site_themes/myNewTheme
, então os modelos serão armazenados em /themes/site_themes/myNewTheme/default_site/
Depois de alterar as configurações, navegue para o design -> Modelos -> Sincronize modelos, selecione todos os modelos e clique em Enviar.
Espero que isso deva fazer o truque :)