Problemas com zeros em matplotlib.colors.LogNorm

Question

Estou traçando um histograma usando

plt.imshow(hist2d, norm = LogNorm(), cmap = gray)

onde hist2d é uma matriz de valores do histograma.Isso funciona bem, exceto para elementos em hist2d isso é zero.Em particular, obtenho a seguinte imagem

mas gostaria que as manchas brancas fossem pretas.

Obrigado!

Answer 1

Aqui está um método alternativo que não exige que você altere seus dados, definindo um valor RGB para pixels ruins.

import copy
data = np.arange(25).reshape((5,5))
my_cmap = copy.copy(matplotlib.cm.get_cmap('gray')) # copy the default cmap
my_cmap.set_bad((0,0,0))
plt.imshow(data, 
           norm=matplotlib.colors.LogNorm(), 
           interpolation='nearest', 
           cmap=my_cmap)

O problema é que as caixas com 0 não podem ser devidamente normalizados em log, então eles são sinalizados como 'ruins', que são mapeados de forma diferente.O comportamento padrão é não desenhar nada nesses pixels.Você também pode especificar a cor para desenhar os pixels que estão acima ou abaixo dos limites do mapa de cores (o padrão é desenhá-los como a cor mais alta/mais baixa).

Answer 2

Se você estiver satisfeito com a escala de cores como está e simplesmente quiser que os valores 0 sejam pretos, eu simplesmente alteraria a matriz de entrada para que os 0s fossem substituídos pelo próximo menor valor:

import matplotlib.pyplot as plt
import matplotlib.cm, matplotlib.colors
import numpy

hist2d = numpy.arange(9).reshape(3,3)

plt.imshow(numpy.maximum(hist2d, sorted(hist2d.flat)[1]), 
           interpolation='nearest', 
           norm = matplotlib.colors.LogNorm(), 
           cmap = matplotlib.cm.gray)

produz

mimimum picture">

Answer 3

Isso foi gerado com a função matplotlib hist2d?

Tudo o que você precisa fazer é percorrer a matriz e definir algum valor mínimo arbitrário e, em seguida, certifique-se de plotá-lo com limites fixos

for f in hist2d:
   f += 1e-3

então, quando você mostrar a figura, todos os espaços em branco estarão agora no valor mínimo e aparecerão no gráfico lognormal.No entanto, se você permitir que o hist2d escolha automaticamente a escala para você, ele desejará usar o valor mínimo de 1e-3.Para evitar isso, você precisa definir os valores vmin e vmax em hist2d

hist2d(x,y,bins=40, norm=LogNorm(), vmin=1, vmax=1e4)