Como eu bordas cor ou desenhar rects corretamente em um dendrograma R?

Question

Eu gerado este dendrograma usando funções hclust(), as.dendrogram() e plot.dendrogram() de R.

Eu usei a função dendrapply() e uma função local para folhas de cor, o que está funcionando bem.

Eu tenho os resultados de um teste estatístico que indicam se um conjunto de nós ( ex do cluster de "_+v\_stat5a\_01_" e "_+v\_stat5b\_01_" no canto inferior direito da árvore) são significativos ou importantes .

Eu também tenho uma função local que eu possa usar com dendrapply() que encontra o nó exata no meu dendrograma que contém folhas significativas.

Gostaria de qualquer um (seguindo o exemplo):

1. Cor das bordas que se juntam "_+v\_stat5a\_01_" e "_+v\_stat5b\_01_"; ou,
2. Desenhe uma rect() em torno de "_+v\_stat5a\_01_" e "_+v\_stat5b\_01_"

Eu tenho a seguinte função local (os detalhes dos "nós-em-leafList-match-nós-em-clusterList" condição não são importantes, mas que destaca os nós significativos):

markSignificantClusters <<- function (n) {
  if (!is.leaf(n)) {
     a <- attributes(n)
     leafList <- unlist(dendrapply(n, listLabels))
     for (clusterIndex in 1:length(significantClustersList[[1]])) {
       clusterList <- unlist(significantClustersList[[1]][clusterIndex])
       if (nodes-in-leafList-match-nodes-in-clusterList) {
          # I now have a node "n" that contains significant leaves, and
          # I'd like to use a dendrapply() call to another local function
          # which colors the edges that run down to the leaves; or, draw
          # a rect() around the leaves
       }
     }
  }
}

De dentro deste bloco if, eu tentei chamar dendrapply(n, markEdges), mas isso não funcionou:

markEdges <<- function (n) {
  a <- attributes(n)
  attr(n, "edgePar") <- c(a$edgePar, list(lty=3, col="red"))
}

No meu exemplo ideal, as margens de ligação "_+v\_stat5a\_01_" e "_+v\_stat5b\_01_" seriam frustradas e de uma cor vermelha.

Eu também tentei usando rect.hclust() dentro deste bloco if:

ma <- match(leafList, orderedLabels)  
rect.hclust(scoreClusterObj, h = a$height, x = c(min(ma), max(ma)), border = 2)

Mas o resultado não funciona com dendrogramas horizontais ( i. dendrogramas com rótulos horizontais). Aqui está um exemplo (observe a faixa vermelha no canto inferior direito) . Alguma coisa não está correta sobre as dimensões do que rect.hclust() gera, e eu não sei como ele funciona, para ser capaz de escrever a minha própria versão.

Eu aprecio qualquer conselho para obter edgePar ou rect.hclust() ao trabalho corretamente, ou para ser capaz de escrever meu próprio rect.hclust() equivalente.

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Uma vez que esta pergunta, eu usei getAnywhere(rect.hclust()) para obter o código funcional que os parâmetros calcula e desenha o objeto rect. Eu escrevi uma versão personalizada desta função para lidar com folhas horizontais e verticais, e chamá-lo com dendrapply().

No entanto, existe algum tipo de recorte efeito que remove parte do rect. Para folhas horizontais (folhas que são desenhadas no lado direito da árvore), a extremidade mais à direita do rect desaparece ou é mais fino do que a largura da borda dos outros três lados do rect. Para folhas verticais (folhas que são desenhados na parte inferior da árvore), a borda mais inferior do rect sofre o mesmo problema de exibição.

O que tinham feito como um meio de marcação aglomerados significativas é reduzir a largura da rect tal que rende uma faixa vermelha vertical entre as pontas das extremidades de fragmentação e as etiquetas (horizontal) da folha.

Isso elimina a emissão de recorte, mas introduz um outro problema, em que o espaço entre as pontas de ponta cluster e os rótulos folha é de apenas seis ou menos pixels de largura, que eu não tenho muito controle sobre. Isto limita a largura da faixa vertical.

O pior problema é que o x coordenada que as marcas de onde a faixa vertical podem caber entre os dois elementos irão mudar de acordo com a largura da árvore maior (par["usr"]), que por sua vez depende de como as extremidades hierarquia de árvore por ser estruturada.

Eu escrevi uma "correção", ou melhor denominado, um hack para ajustar este valor x ea largura rect para árvores horizontais. Nem sempre woRK de forma consistente, mas para as árvores que estou fazendo, parece para não ficar muito perto (ou sobreposição) bordas e etiquetas.

Em última análise, uma solução melhor seria descobrir como desenhar o rect de modo que não há nenhum corte. Ou uma maneira consistente para calcular a posição específica x entre bordas de árvores e etiquetas para qualquer árvore, a fim de centralizar e dimensionar a faixa corretamente.

Eu também seria muito interessado em um método para anotar bordas com cores ou estilos de linha.

Answer 1

Assim que você realmente perguntou sobre cinco perguntas (5 +/- 3). Tanto quanto escrever o seu próprio rect.hclust como função, a fonte está em library/stats/R/identify.hclust.R se você quiser olhar para ele.

Eu levei um rápido olhar para ele próprio e não estou certo de que ele faz o que eu pensei que fez da leitura de sua descrição - parece estar chegando múltipla retângulos, também, o seletor x parece ser codificado para separar as etiquetas na horizontal (o que não é o que você quer e não há y).

Eu vou estar de volta, mas, entretanto, você pode (para além de olhar para a fonte) tentar fazer múltipla rect.hclust com diferentes cores border= e diferentes valores h= para ver se um padrão de falha emerge.

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Eu não tive muita sorte cutucando neste também.

Uma possível kludge para o recorte seria para preencher as etiquetas com espaços à direita e, em seguida, trazer a borda do seu rectângulo ligeiramente (a idéia de que apenas trazendo o retângulo em que tirá-lo da zona de recorte, mas substituir as extremidades das etiquetas).

Outra idéia seria a de preencher o retângulo com uma cor translúcida (baixo alfa), fazendo uma área sombreada, em vez de uma caixa delimitadora.