Edit: agora funciona no IE! insertSiblingNodesAfter usa o parentNode do irmão, que passa a ser um tbody no IE
É difícil saber o que peculiaridades estão na loja quando você tenta manipular o cross-browser DOM. Eu recomendo que você use uma biblioteca existente que foi totalmente testado em todos os principais navegadores, e é responsável por peculiaridades.
Pessoalmente eu uso MochiKit, você pode mergulhar em manipulação DOM aqui:
http://mochikit.com/doc/html/MochiKit/DOM.html
A sua função final poderia ser algo como isto:
function addEmployee(employeeName, employeeJob) {
var trs = getElementsByTagAndClassName("tr", null, "employeetable");
insertSiblingNodesAfter(trs[trs.length-1], TR({}, TD({}, employeeName), TD({}, employeeJob));
alert("code executed!");
}