Вы сказали это самостоятельно, это происходит потому, что сборная программа все еще работает.
В Windows вы не можете внести изменения в файл EXE программы, когда она работает.
Это фантастически раздражает, и одна из тех вещей, которые (для меня) делают окна немного менее удобными, чем EG Linux для разработки.