Howto Clyt Roc Curve в R с только известной информацией SN/PPV/Sutoff

Question

Приведены такие данные:

#Cutpoint         SN   (1-PPV)
5       0.56    0.01
7       0.78    0.19
9       0.91    0.58

Как я могу построить кривую ROC с помощью R, которые дают такой же результат, как прикрепленный ?

Я знаю пакет ROCR, но это не требует такого вклада.

Answer 1

Если вы просто хотите создать график (без этого глупого интерполяционного сплайна между точками), то просто постройте данные, которые вы даете стандартным способом, подготовив точку на (0,0) и добавив один в (1,1), чтобы дать Конечные точки кривой.

## your data with different labels
dat <- data.frame(cutpoint = c(5, 7, 9),
                  TPR = c(0.56, 0.78, 0.91),
                  FPR = c(0.01, 0.19, 0.58))

## plot version 1    
op <- par(xaxs = "i", yaxs = "i")
plot(TPR ~ FPR, data = dat, xlim = c(0,1), ylim = c(0,1), type = "n")
with(dat, lines(c(0, FPR, 1), c(0, TPR, 1), type = "o", pch = 25, bg = "black"))
text(TPR ~ FPR, data = dat, pos = 3, labels = dat$cutpoint)
abline(0, 1)
par(op)

Чтобы объяснить код: Первый plot() Call устанавливает регион построения, не делая заговора вообще. Обратите внимание, что я заставляю график покрыть диапазон (0,1) по обеим осям. А par() Call сообщает R оси, которые охватывают диапазон данных - по умолчанию расширяет их на 4 процента от диапазона на каждой оси.

Следующая строка, with(dat, lines(....)) рисует кривую ROC, и здесь мы предпочитаем и добавляем точки в (0,0) и (1,1), чтобы дать полную кривую. Здесь я использую type = "o" Чтобы дать переполненные точки, так и линии, точки представлены символом 25, который позволяет заполнить его цветом, здесь черный.

Затем я добавляю этикетки в точки, используя text(....); а pos Аргумент используется для определения метки от фактических координат построения построения. Я беру этикетки из cutpoint объект в кадре данных.

А abline() вызов рисует линию 1: 1 (здесь 0, а также 1 означать перехват 0 И наклон 1 соответственно.

Последняя строка сбрасывает параметры построения по умолчанию, которые мы сохранили op Перед графиком (в первой строке).

Полученный сюжет выглядит так:

Это не точное факсимиле, и я предпочитаю график, используя по умолчанию для диапазонов оси (добавление 4 процента):

plot(TPR ~ FPR, data = dat, xlim = c(0,1), ylim = c(0,1), type = "n")
with(dat, lines(c(0, FPR, 1), c(0, TPR, 1), type = "o", pch = 25, bg = "black"))
text(TPR ~ FPR, data = dat, pos = 3, labels = dat$cutpoint)
abline(0, 1)

Опять же, не настоящий факсимильный, но близкий.