Общие местоположения библиотеки для файлов MATLAB MEX:
Вопрос
Я пытаюсь написать функцию MATLAB MEX, которая использует libhdf5; My Linux Установка предоставляет общие библиотеки LibhDF5-1.8. Однако моя версия MATLAB R2007B предоставляет libhdf5.so из выпуска 1.6. (Матлаб. .mat
Файлы загрузки HDF5, очевидно,). Когда я компилирую Mex, он SegFaults в Matlab. Если я понизую мою версию BIBHDF5 до 1.6 (не долгосрочный вариант), код компилирует и работает нормально.
Вопрос: Как мне решить эту проблему? Как мне сообщить процесс компиляции MEX для связи против /usr/lib64/libhdf5.so.6 вместо /opt/matlab/bin/glnxa64/libhdf5.so.0? Когда я пытаюсь сделать это, используя -Wl,-rpath-link,/usr/lib64
В моей компиляции я получаю ошибки, как:
/usr/lib/gcc/x86_64-pc-linux-gnu/4.3.4/../../../../x86_64-pc-linux-gnu/bin/ld: warning: libhdf5.so.0, needed by /opt/matlab/matlab75/bin/glnxa64/libmat.so, may conflict with libhdf5.so.6
/usr/lib/gcc/x86_64-pc-linux-gnu/4.3.4/../../../../lib64/crt1.o: In function `_start':
(.text+0x20): undefined reference to `main'
collect2: ld returned 1 exit status
mex: link of 'hdf5_read_strings.mexa64' failed.
make: *** [hdf5_read_strings.mexa64] Error 1
ack. Последний курорт будет скачать локальную копию заголовков HDF5-1.6.5 и сделать с ним, но это не будущее доказательство (обновление версии MATLAB находится в моем будущем.). есть идеи?
Отредактируйте: на превосходные предложения Рамашаланки, я
А) называется mex -v
Чтобы получить 3 gcc
команды; последний - это команда линкера;
Б) назвал эту команду линкера с -v
чтобы получить collect
команда;
В) назвал это collect2 -v -t
и остальные флаги.
Соответствующие части моего выхода:
/usr/bin/ld: mode elf_x86_64
/usr/lib/gcc/x86_64-pc-linux-gnu/4.3.4/../../../../lib64/crti.o
/usr/lib/gcc/x86_64-pc-linux-gnu/4.3.4/crtbeginS.o
hdf5_read_strings.o
mexversion.o
-lmx (/opt/matlab/matlab75/bin/glnxa64/libmx.so)
-lmex (/opt/matlab/matlab75/bin/glnxa64/libmex.so)
-lhdf5 (/usr/lib/gcc/x86_64-pc-linux-gnu/4.3.4/../../../../lib64/libhdf5.so)
/lib64/libz.so
-lm (/usr/lib/gcc/x86_64-pc-linux-gnu/4.3.4/../../../../lib64/libm.so)
-lstdc++ (/usr/lib/gcc/x86_64-pc-linux-gnu/4.3.4/libstdc++.so)
-lgcc_s (/usr/lib/gcc/x86_64-pc-linux-gnu/4.3.4/libgcc_s.so)
/lib64/libpthread.so.0
/lib64/libc.so.6
/lib64/ld-linux-x86-64.so.2
-lgcc_s (/usr/lib/gcc/x86_64-pc-linux-gnu/4.3.4/libgcc_s.so)
/usr/lib/gcc/x86_64-pc-linux-gnu/4.3.4/crtendS.o
/usr/lib/gcc/x86_64-pc-linux-gnu/4.3.4/../../../../lib64/crtn.o
Итак, на самом деле libhdf5.so
от /usr/lib64
называется. Тем не менее, это преодолено, я полагаю, по переменной окружающей среде LD_LIBRARY_PATH
, в которой моя версия MATLAB автоматически устанавливает во время выполнения, так что можно найти свои собственные версии, например, libmex.so
, так далее.
Я думаю, что crt_file.c
Пример работает либо B / C, он не использует функции, которые я использую (H5DOpen
, у которых есть изменение подписи в шаге с 1,6 до 1,8 (да, я использую -DH5_USE_16_API
)) или, менее вероятно, B / C он не попадает в частей внутренних органов Matlab, которые нуждаются в HDF5. ack.
Решение
В моем системе работает следующее:
Установите HDF5 версии 1.8.4 (вы уже сделали это: я установил источник и скомпилирован, чтобы убедиться, что он совместим с моей системой, что я получаю версии GCC и что я получаю статические библиотеки, например, двоичные файлы, предлагаемые для моей системы,
icc
специфический).Сделайте целевой файл. У вас уже есть свой собственный файл. Я использовал простой
h5_crtfile.c
от здесь (Хорошая идея начать с этого простого файла сначала поиск предупреждений). я изменилmain
кmexFunction
с обычными аргументами и включеныmex.h
.Укажите статический 1.8.4 Библиотека, которую вы хотите загрузить явно (полный путь без необходимости не нужна) и не включать
-lhdf5
вLDFLAGS
. Отказ Включить А.-t
Опция, так что вы можете убедиться, что не будет загружена динамическая библиотека HDF5. Вы также нуждаетесь-lz
, с участиемzlib
установлены. Для Дарвина нам также нужен-bundle
вLDFLAGS
:mex CFLAGS='-I/usr/local/hdf5/include' LDFLAGS='-t /usr/local/hdf5/lib/libhdf5.a -lz -bundle' h5_crtfile.c -v
Для Linux вам нужен эквивалентный независимый от позиции вызов, например,
fPIC
и возможно-shared
, но у меня нет системы Linux с лицензией MatLab, поэтому я не могу проверить:mex CFLAGS='-fPIC -I/usr/local/hdf5/include' LDFLAGS='-t /usr/local/hdf5/lib/libhdf5.a -lz -shared' h5_crtfile.c -v
Запустить
h5_crtfile
файл mex. Это работает без проблем на моей машине. Он просто делает H5FCreate и H5FClose для создания «File.H5» в текущем каталоге, и когда я звонюfile file.h5
я получилfile.h5: Hierarchical Data Format (version 5) data
.
Обратите внимание, что если я включил -lhdf5
Выше на шаге 3, затем MatLab прерваний, когда я пытаюсь запустить исполняемый файл (потому что он использует динамические библиотеки Matlab, которые для меня - версия 1.6.5), поэтому это определенно решает проблему в моей системе.
Спасибо за вопрос. Мое решение выше, безусловно, намного легче для меня, чем то, что я делал раньше. Надеюсь, вышесказанное работает для вас.
Другие советы
Я принимаю ответ Рамашаланки, потому что это привело меня к точным решению, которое я опубликую здесь только для полноты:
- Загрузите библиотеку HDF5-1.6.5 с веб-сайта HDF5 и установите файлы заголовка в локальный каталог;
- Скажите MEX, чтобы найти «HDF5.H» в этом локальном каталоге, а не в стандартном месте (например,
/usr/include
.) - Скажите MEX, чтобы скомпилировать мой код и библиотека общих объектов, предоставленная MatLab, и делай нет использовать
-ldfh5
флаг внутриLDFLAGS
.
Команда, которую я использовал, по сути:
/opt/matlab/matlab_default/bin/mex -v CC#gcc CXX#g++ CFLAGS#"-Wall -O3 -fPIC -I./hdf5_1.6.5/src -I/usr/include -I/opt/matlab/matlab_default/extern/include" CXXFLAGS#"-Wall -O3 -fPIC -I./hdf5_1.6.5/src -I/usr/include -I/opt/matlab/matlab_default/extern/include " -O -lmwblas -largeArrayDims -L/usr/lib64 hdf5_read_strings.c /opt/matlab/matlab_default/bin/glnxa64/libhdf5.so.0
Это переводится MEX в команды:
gcc -c -I/opt/matlab/matlab75/extern/include -DMATLAB_MEX_FILE -Wall -O3 -fPIC -I./hdf5_1.6.5/src -I/usr/include -I/opt/matlab/matlab_default/extern/include -O -DNDEBUG hdf5_read_strings.c
gcc -c -I/opt/matlab/matlab75/extern/include -DMATLAB_MEX_FILE -Wall -O3 -fPIC -I./hdf5_1.6.5/src -I/usr/include -I/opt/matlab/matlab_default/extern/include -O -DNDEBUG /opt/matlab/matlab75/extern/src/mexversion.c
gcc -O -pthread -shared -Wl,--version-script,/opt/matlab/matlab75/extern/lib/glnxa64/mexFunction.map -Wl,--no-undefined -o hdf5_read_strings.mexa64 hdf5_read_strings.o mexversion.o -lmwblas -L/usr/lib64 /opt/matlab/matlab_default/bin/glnxa64/libhdf5.so.0 -Wl,-rpath-link,/opt/matlab/matlab_default/bin/glnxa64 -L/opt/matlab/matlab_default/bin/glnxa64 -lmx -lmex -lmat -lm -lstdc++
Это решение должно работать на всех моих различных целевых машинах и, по крайней мере, пока я не обновляю до MATLAB R2009A, что я считаю, использует HDF5-1.8. Спасибо за всю помощь, извините за то, что настолько густым с этим - я думаю, что я был чрезмерно обязан использовать упакованную версию HDF5, а не локальный набор файлов заголовка.
Примечание. Это все было бы тривиально, если MathWorks предоставила набор файлов заголовка с распределением MATLAB ...