أداء الانفجار/SmithWaterman البحث مباشرة من التطبيق

Question

أنا أعمل على تطبيق صغير و التفكير في دمج الانفجار أو المحلية الأخرى محاذاة البحث في التطبيق.بلدي البحث فقط ترعرعت البرامج التي تحتاج إلى تثبيت و يسمى برنامج خارجي.

هل هناك طريقة قصيرة مني تنفيذها من الصفر ؟ أي قبل إجراء مكتبة ربما ؟

Answer 1

وأنا فقط تعثرت عبر شيء وددت: وNCBI C ++ الأدوات. شكرا لجميع الاقتراحات بالرغم من ذلك.

Answer 2

هل من الضروري أن يكون في C أو C ++ سوف يكون أيضا موافق؟ إذا كان الأمر كذلك، قد ترغب في النظر في المكتبة SeqAn هنا .

Answer 3

هذا هو الموضوع الذي يجب أيضا أن تفعل مع استنساخ النتائج:فمن الأفضل دائما لاستخدام الخام الانفجار الثنائية التي تقدمها NCBI أو UCSC, لأن ذلك سيجعل النتائج easeir أن تتكاثر عن طريق العلماء الآخرين و سيوفر لك الكثير من الوقت الذي يقضيه في كتابة الاختبارات (وقت أكثر مما تتخيل).

من أجل يوم العمل وكثيرا ما تستخدم تبرئة, أداة مكتوب في C التي يمكن القيام به على حد سواء العالمية أو المحلية المحاذاة ، وقد بسيط يونكس مثل واجهة, و لا يحتاج إلى تنسيق المدخلات الخاصة بك مع الانفجار.

وعلاوة على ذلك, تأخذ في الاعتبار أن الناس عادة استخدام مزيج من makefiles و البرامج النصية لتحديد خط أنابيب بدلا من استدعاء كل من النصي:معظم لغات البرمجة ليست جيدة لتحديد خطوط الأنابيب ، في حين الآلي بناء أدوات مثل جعل ليست مفيدة في البرمجة المهام.إلقاء نظرة على هذه الأمثلة: http://skam.sourceforge.net/skam-intro.html http://swc.scipy.org/lec/build.html

Answer 4

~ قبل 20 عاما، هو الآن خوارزمية كبيرة جدا وأنا لا أستطيع أن أتخيل أنه يمكن تنفيذها بسهولة من نقطة الصفر. يمكنك محاولة لمعرفة المزيد عن ذلك عند النظر في مصادر من برنامج "blastall" في NCBI أدوات . وأبسط زوجيا خوارزمية (سويث الملاح، نيدلمان-ونش) ينبغي أن يكون أسهل في التنفيذ:

Answer 5

الحاسوبية البيولوجيا الجزيئية: مقدمة ديه رمز ل<أ href = على "HTTP : //cs.bc.edu/~clote/ComputationalMolecularBiology/Alignment/waterman.cc "يختلط =" نوفولو noreferrer "> غيرها من الخوارزميات محاذاة البرمجة الديناميكية سميث الملاح و

Answer 6

وأنا استخدم NetBLAST من خلال ثنائي العميل blastcl3. وأعتقد أن ثنائي blastcl3 هو عميل رقيقة جدا لخدمة الويب NetBLAST.

وإذا كان الأمر كذلك، فإنه لا ينبغي أن يكون من الصعب جدا على شم الحزم وتنفيذ العميل الخاص بك. تبعا لحالة استخدامك، وهذا قد يكون أسرع / أسهل من تنفيذ خوارزمية المحاذاة الخاصة بك. فإنه، مع ذلك، وإدخال تبعية لخدمات الويب NCBI ل.

HTTP: //www.ncbi.nlm.nih . محافظة / الموظفين / تاو / URLAPI / netblast.html

Answer 7

ونشرت لي سؤال مماثل ( تشغيل BLAST (bl2seq) دون إنشاء ملفات تسلسل )

والأساس، والجواب خطرت لي كان يعمل هذا الأمر:

bl2seq -i<(echo sequence1) -j(echo sequence2) -p blastn

وهذا أنابيب نتيجة الأمر صدى لbl2seq (الانفجار 2 متواليات) البرنامج.

ولكن لم أتمكن من الحصول على عمل عن طريق نظام من بيثون داعيا