شجرة الإجماع أو "نسب التشغيل" من كائنات hclust متعددة

Question

لدي قائمة بكائنات hclust الناتجة عن اختلافات طفيفة في متغير واحد (لحساب مصفوفة المسافة)

• الآن أود إنشاء شجرة إجماع من هذه القائمة.

هل هناك حزمة عامة للقيام بذلك؟إنني أقوم باختراق طريقي من خلال بعض التعليمات البرمجية من Maanova ويبدو أنه يعمل - لكنه قبيح ويحتاج إلى الكثير من القرصنة لأنني لا أفعل التمهيد "الطبيعي" (البيانات الكيميائية).

/بالي فيليسن، الدنمارك

c1_list <- seq(10,100,by=10)
c2 <- 30
e<- 1
mboot <- list()
for (i in 1: length(c1_list) ) {
   c1 <- c1_list[i]
   cat("Doing C1=",c1,"...")
   x <- hclust(custom_euclidean(t(log2(data[, all]+1)), c1,c2,e), method='average')
   cat("..done\n")
   mboot[[i]] <- x # To get hclust object back use mbot[[i]] to get i'th object
}

#### Now extract the robust groups from mboot...

Answer 1

أولا، إلقاء نظرة على كود آلان تاكر للتجميع الإجماعي, ، المتعلقة بصحيفته "تجميع الإجماع والتفسير الوظيفي لبيانات التعبير الجيني".

فيما يلي بعض المؤشرات الأخرى:

• لقد ذكرت أنك تستخدم حزمة مانوفا;يمكن أن يؤدي ذلك إلى إنشاء شجرة إجماع من نتيجة مجموعة bootstrap باستخدام ملف consensus() وظيفة.هل حاولت ذلك؟
• ال حزمة القرد مخصص لتحليل شجرة النشوء والتطور، لذلك ربما لا يكون ذا صلة تمامًا، ولكن قد تنظر فيه.هنالك مثال باستخدام hclust على R-Help.
• وبالمثل، فإن حزمة نيم، وهي جزء من الموصل الحيوي لديه بعض الأمثلة.

Answer 2

حسنًا، يبدو هذا بمثابة نهج معزز يتم تطبيقه على التجميع، ويكشف البحث السريع على Google عن الأدبيات الموجودة حوله تعزيز التكتل.ربما هذه هي البداية؟

أما بالنسبة لرمز R، فهناك دائمًا طرق عرض المهام قيد التشغيل تجمع و التعلم الالي.