Árbol de consenso o & # 8220; proporciones de arranque & # 8221; de múltiples objetos hclust

Question

Tengo una lista de objetos hclust resultantes de ligeras variaciones en una variable (para calcular la matriz de distancia)

• ahora me gustaría hacer un árbol de consenso de esta lista.

¿Hay un paquete genérico para hacer esto? Estoy hackeando mi camino algo de código de maanova y parece funcionar, pero es feo y necesita mucha piratería ya que no estoy haciendo "normal" bootstrapping (es datos químicos).

/ Palle Villesen, Dinamarca

c1_list <- seq(10,100,by=10)
c2 <- 30
e<- 1
mboot <- list()
for (i in 1: length(c1_list) ) {
   c1 <- c1_list[i]
   cat("Doing C1=",c1,"...")
   x <- hclust(custom_euclidean(t(log2(data[, all]+1)), c1,c2,e), method='average')
   cat("..done\n")
   mboot[[i]] <- x # To get hclust object back use mbot[[i]] to get i'th object
}

#### Now extract the robust groups from mboot...

Answer 1

Primero, eche un vistazo a el código de Allan Tucker para la agrupación por consenso , relacionado con su trabajo " Agrupación de consenso e interpretación funcional de datos de expresión génica " .

Aquí hay algunos otros consejos:

• Mencionó que está utilizando el paquete maanova ; Esto puede construir un árbol de consenso a partir del resultado del clúster de arranque con la función consenso () . ¿Has probado eso?
• El ape package está destinado al análisis del árbol filogenético, por lo que es posiblemente no sea completamente relevante, pero podría investigarlo. Hay un ejemplo usando hclust en R-Help .
• Del mismo modo, el paquete nem, que forma parte del bioconductor tiene algunos ejemplos.

Answer 2

Hm, eso suena como un enfoque de refuerzo aplicado a la agrupación en clúster, y una búsqueda rápida en Google revela una literatura bastante existente sobre aumento de la agrupación . Tal vez eso es un comienzo?

En cuanto al código R, siempre hay vistas de tareas en Agrupación y Aprendizaje automático .