R الخطأ allocMatrix

Question

ومرحبا كل شيء،

وكنت أحاول أن تحميل كمية معينة من الملفات Affymetrix CEL، مع الأمر BioConductor القياسية (R 2.8.1 على 64 بت لينكس، 72 GB من ذاكرة الوصول العشوائي)

abatch<-ReadAffy()

ولكن أظل الحصول على هذه الرسالة:

Error in read.affybatch(filenames = l$filenames, phenoData = l$phenoData,  : 
  allocMatrix: too many elements specified

ما هو المعنى العام لهذا الخطأ allocMatrix؟ هل هناك طريقة لزيادة حجمه الأقصى؟

وشكرا

Answer 1

والمشكلة هي أن كل الوظائف الأساسية استخدام [إينتس] بدلا من يتوق لتوليد الأجسام R. على سبيل المثال، رسالة خطأ الخاص بك يأتي من array.c في / SRC / الرئيسية

if ((double)nr * (double)nc > INT_MAX)
    error(_("too many elements specified"));

وحيث تقرير وطني ونورث كارولاينا وصحيحة ولدت قبل، والوقوف لعدد من الصفوف والأعمدة المصفوفة الخاصة بك:

nr = asInteger(snr);
nc = asInteger(snc);

وهكذا، إلى قطع قصيرة، يجب تغيير كل شيء في التعليمات البرمجية المصدر طويل، وربما ليس فقط في array.c ولكن في معظم الوظائف الأساسية، والتي من شأنها أن تتطلب بعض إعادة كتابة. آسف لعدم أكثر فائدة، ولكن أعتقد أن هذا هو الحل الوحيد. بدلا من ذلك، قد انتظر R 3.X العام المقبل، ونأمل أنها ستنفذ هذا ...

Answer 2

إذا كنت تحاول العمل على قواعد البيانات affymetrix ضخمة، قد يكون لديك أفضل حظا باستخدام حزم من <لأ href = "http://groups.google.com/group/aroma-affymetrix/web/overview" يختلط = "نوفولو noreferrer"> aroma.affymetrix .

وأيضا، bioconductor هو (خاصة) تتحرك بسرعة المشروع وسوف عادة يطلب منك ترقية إلى أحدث إصدار من R من أجل الحصول على أي "دعم" استمرار (مساعدة فى القائمة البريدية ك ح). وأرى أن Thrawn يذكر أيضا وجود مشكلة مماثلة مع R 2.10، ولكن لا يزال قد تفكر في رفع مستوى على أي حال.

Answer 3

وأنا اصطدم هذا الموضوع عن طريق الصدفة. لا، رائحة * الإطار ليست محدودة بسبب قيود allocMatrix () من [إينتس] ويتوق، لأنه لا يعالج البيانات باستخدام مساحة العنوان العادي وحده - بدلا من ذلك مجموعات فرعية أيضا عن طريق نظام الملفات. أنه لم يعقد أبدا وتحميل البيانات مجموعة كاملة في الذاكرة في أي وقت. في الأساس نظام الملفات يحدد الحد، وليس RAM ولا مساحة العنوان منكم OS.

و/ هنريك (مؤلف رائحة. *)