Perl Script لتحديد أفضل خط جين انفجار من نتيجة الانفجار

Question

لدي ملف ضخم مع إخراج الانفجار وأحتاج إلى تحديد معرف الاستعلام، والشائع GI والإطار (الأساس السطر بالكامل) بأقل قيمة إلكترونية حذف الخطوط المكررة (حذف جميع الخطوط الأخرى مع أعلى القيم الإلكترونية الأخرى).هذه هي الطريقة التي يشبه الملف:

giveacodicetagpre.

الإخراج المتوقع في هذه الحالة يجب أن يكون فقط هذين الخطين فقط لأنهم هم الذين لديهم أصغر E_VALUE:

giveacodicetagpre.

لدي رمز مكتوب، ولكن لا يبدو أن العمل.هل يمكن أن الرجال الرجاء مساعدتي في حل هذه المشكلة.سأقدر حقا وقتك والمساعدة.هذا ما لدي حتى الآن:

giveacodicetagpre.

Answer 1

حاول إضافة "استخدام صارم" في الأعلى بعد shebang - قد يساعد في تحديد موقع شيء آخر.

حاول استبدال "إذا كان ($ dedupe {$ query_id})" مع "إذا (محددة ($ dedupe {$ query_id}))"

ضع في اعتبارك أن معظم الناس على ذلك ليسوا علماء الأحياء / علماء الأحياء (!) وليس لديهم أي فكرة عما تتحدث عنه، ونحن نرى فقط الأرقام والكلمات التي تعني شيئا لنا، لذلك إذا كنت تستطيع شرح أفضل، فيمكنناتكون قادرة على مساعدة أكثر.

فيما يلي المزيد من الاصطلام، بالمناسبة.

giveacodicetagpre.

رمزك دائما يذهب من السطر 64 إلى 81. لا يدخل أبدا الاختبارات الثانوية على الإطلاق - لا يجد أبدا التكرارات.حاول تشغيله في المصحح، مع هذا:

giveacodicetagpre.

ثم افعل "n" ل "السطر التالي" مرارا وتكرارا.يمكنك طباعة قيم متغيرة مع "اسم متغير P".

إذا قمت بتغيير الفاصل للانقسام () S من علامة التبويب إلى الفضاء، أحصل على هذا - الذي يحتوي على الرقم الصحيح لسجلات الإخراج على الأقل:

giveacodicetagpre.

Answer 2

لماذا تحاول كتابة محلل الانفجار الخاص بك.استخدم BIOPERL

http://www.bioperl.org/wiki/howto:esearchio#ncbi-blast_parsing_problems

أنا لا أستخدم بيرل كثيرا بعد الآن ولكن هنا هي الفكرة الخام لما يجب القيام به

giveacodicetagpre.

Answer 3

القيمة في الترميز العلمي، سوف يعامل بيرل كسلسلة عند القيام بأقل من المقارنة.

أعتقد أنني سأقوم أيضا بأشياء DEDUP بشكل مختلف ...