كيفية إنتاج مؤامرة تردد تسلسل لمجموعة واحدة داخل حل الكتلة

Question

لم أتمكن من العثور على إجابة كافية لمشكلتي, ربما شخص ما يمكن أن تساعد هنا?(أنا مبتدئ إلى ص)

أفعل تحليل التسلسل ، ومساحة الدولة هو ن = 10 والفضاء الزمني هو ر = 168 (أشهر).وجهت مؤامرة تردد تسلسل لحل الكتلة مع 8 مجموعات.ومع ذلك ، فإن المؤامرة ليست مفتوحة حقا للتفسيرات لأن المؤامرات الفردية منتزعة جدا أو صغيرة جدا.(انظر الرسم البياني أدناه)

فعلت الإجراءات التالية حتى الآن (قريبة جدا من التعليمات في ترامينير-مساعدة-وثيقة):

dist.om1 <- seqdist(neu.seq, method = "OM", indel = 1, sm = submat)
clusterward1 <- agnes(dist.om1, diss = TRUE, method = "ward")
cluster8 <- cutree(clusterward1, k = 8)
cluster8 <- factor(cluster8, labels = c("Typ 1", "Typ 2", "Typ 3", "Typ 4", "Typ 5", "Typ 6", "Typ 7", "Typ 8"))
seqfplot(neu.seq, group = cluster8, pbarw = T, withlegend = T)

حاولت إعادة تكوين الهوامش ولكن النتيجة كانت دائما نفس المؤامرة (تم تنفيذ المؤامرة المرفقة مع الإعدادات الافتراضية).لذلك فكرت ، بدلا من ذلك ، ربما يمكنني رسم مخطط تردد التسلسل لمجموعة واحدة داخل حل 8 مجموعات.(في ستاتا رمز ، وأود أن أكتب شيئا مثل لمؤامرة مؤشر تسلسل واحد sqindexplot if cluster8 == 4) ومع ذلك ، لا أعرف كيف يتم ذلك في ر.إذا كان لدى شخص ما فكرة عن كيفية الحصول على مؤامرة تردد تسلسل أجمل ، سأكون ممتنا جدا!شكرا لك!أوليفر

Answer 1

مع 8 مجموعات قد تحتاج إلى تقليل حجم الخط من تسميات المحاور باستخدام cex.plot حجة.على سبيل المثال:

seqfplot(neu.seq, group = cluster8, withlegend = T, cex.plot=.5)

يمكنك أيضا الحصول على أفضل المؤامرات تبحث مع border=NA الحجة التي تمنع الحدود السوداء حول الأشرطة التي تمثل كل نمط تسلسل.

بدلا من ذلك ، إذا كنت تستخدم أجهزة رسومية مثل pdf, png أو jpeg لإنشاء ملفات مؤامرة الخاص بك ، في محاولة للعب مع المعلمات width و height من الوظائف.أكبر height القيمة ، أصغر النص يبدو.

للحصول على المجموعة 4 فقط ، استخدم

seqfplot(neu.seq[cluster8=="Typ 4",], withlegend = T)

(أنظر أيضا كيفية تحديد تسلسل داخل كل مجموعة? )

وإذا كنت ترغب في الجمع بين المؤامرات نفسك باستخدام على سبيل المثال par(mfrow=c(.,.)) يجب عليك تعطيل وسيلة الإيضاح التلقائية ، وإدراج وسيلة الإيضاح يدويا باستخدام seqlegend, ، على سبيل المثال.

par(mfrow=c(2,2))
seqfplot(neu.seq[cluster8=="Typ 4",], withlegend = F)
seqfplot(neu.seq[cluster8=="Typ 5",], withlegend = F)
seqfplot(neu.seq[cluster8=="Typ 6",], withlegend = F)
seqlegend(neu.seq)
dev.off()

نأمل أن يساعد هذا.