كيف يمكنني إنشاء كائن Dendrogram (أو "HClust") يدويًا؟ (في ص)

Question

لديّ تجصفير مُعطى لي كصور. نظرًا لأنه ليس كبيرًا جدًا ، يمكنني بنائه "باليد" في كائن R.

لذا فإن سؤالي هو كيف يمكنني إنشاء كائن Dendrogram (أو "HClust") يدويًا عندما يكون كل ما لدي هو صورة dendrogram؟

أرى أن هناك وظيفة تسمى "As.Dendrogram" لكنني لم أتمكن من العثور على مثال على كيفية استخدامه.

(PS: يتابع هذا المنشور سؤالي من هنا)

شكرا جزيلا ، تال

Answer 1

أعتقد أنك أفضل لإنشاء hclust كائن ، ثم تحويله إلى dendrogram باستخدام as.dendrogram, ، ثم محاولة إنشاء dendrogram مباشرة. انظر الى ?hclust صفحة المساعدة لمعرفة معنى عناصر hclust هدف.

فيما يلي مثال بسيط مع Four Leaves A و B و C و D ، يجمع بين أول AB ، ثم القرص المضغوط ، وأخيراً AB-CD:

a <- list()  # initialize empty object
# define merging pattern: 
#    negative numbers are leaves, 
#    positive are merged clusters (defined by row number in $merge)
a$merge <- matrix(c(-1, -2,
                    -3, -4,
                     1,  2), nc=2, byrow=TRUE ) 
a$height <- c(1, 1.5, 3)    # define merge heights
a$order <- 1:4              # order of leaves(trivial if hand-entered)
a$labels <- LETTERS[1:4]    # labels of leaves
class(a) <- "hclust"        # make it an hclust object
plot(a)                     # look at the result   

#convert to a dendrogram object if needed
ad <- as.dendrogram(a)

Answer 2

يدوي تمامًا ... غير موصى به لمجموعات البيانات الكبيرة.

tree<-list();
attributes(tree)<-list(members=18,height=3);
class(tree)<-"dendrogram";

tree[[1]]<-list();
attributes(tree[[1]])<-list(members=4,height=2,edgetext="1");
 tree[[1]][[1]]<-list();
 attributes(tree[[1]][[1]])<-list(members=2,height=1,edgetext="H");
  tree[[1]][[1]][[1]]<-list();
  attributes(tree[[1]][[1]][[1]])<-list(members=1,height=0,edgetext="H",label="1HH",leaf=TRUE);
  tree[[1]][[1]][[2]]<-list();
  attributes(tree[[1]][[1]][[2]])<-list(members=1,height=0,edgetext="T",label="1HT",leaf=TRUE);
 tree[[1]][[2]]<-list();
 attributes(tree[[1]][[2]])<-list(members=2,height=1,edgetext="T");
  tree[[1]][[2]][[1]]<-list();
  attributes(tree[[1]][[2]][[1]])<-list(members=1,height=0,edgetext="H",label="1TH",leaf=TRUE);
  tree[[1]][[2]][[2]]<-list();
  attributes(tree[[1]][[2]][[2]])<-list(members=1,height=0,edgetext="T",label="1TT",leaf=TRUE);
tree[[2]]<-list();
attributes(tree[[2]])<-list(members=2,height=2,edgetext="2");
 tree[[2]][[1]]<-list();
 attributes(tree[[2]][[1]])<-list(members=1,height=0,edgetext="H",label="2H",leaf=TRUE);
 tree[[2]][[2]]<-list();
 attributes(tree[[2]][[2]])<-list(members=1,height=0,edgetext="T",label="2T",leaf=TRUE);
tree[[3]]<-list();
attributes(tree[[3]])<-list(members=4,height=2,edgetext="3");
 tree[[3]][[1]]<-list();
 attributes(tree[[3]][[1]])<-list(members=2,height=1,edgetext="H");
  tree[[3]][[1]][[1]]<-list();
  attributes(tree[[3]][[1]][[1]])<-list(members=1,height=0,edgetext="H",label="3HH",leaf=TRUE);
  tree[[3]][[1]][[2]]<-list();
  attributes(tree[[3]][[1]][[2]])<-list(members=1,height=0,edgetext="T",label="3HT",leaf=TRUE);
 tree[[3]][[2]]<-list();
 attributes(tree[[3]][[2]])<-list(members=2,height=1,edgetext="T");
  tree[[3]][[2]][[1]]<-list();
  attributes(tree[[3]][[2]][[1]])<-list(members=1,height=0,edgetext="H",label="3TH",leaf=TRUE);
  tree[[3]][[2]][[2]]<-list();
  attributes(tree[[3]][[2]][[2]])<-list(members=1,height=0,edgetext="T",label="3TT",leaf=TRUE);
tree[[4]]<-list();
attributes(tree[[4]])<-list(members=2,height=2,edgetext="4");
 tree[[4]][[1]]<-list();
 attributes(tree[[4]][[1]])<-list(members=1,height=0,edgetext="H",label="4H",leaf=TRUE);
 tree[[4]][[2]]<-list();
 attributes(tree[[4]][[2]])<-list(members=1,height=0,edgetext="T",label="4T",leaf=TRUE);
tree[[5]]<-list();
attributes(tree[[5]])<-list(members=4,height=2,edgetext="5");
 tree[[5]][[1]]<-list();
 attributes(tree[[5]][[1]])<-list(members=2,height=1,edgetext="H");
  tree[[5]][[1]][[1]]<-list();
  attributes(tree[[5]][[1]][[1]])<-list(members=1,height=0,edgetext="H",label="5HH",leaf=TRUE);
  tree[[5]][[1]][[2]]<-list();
  attributes(tree[[5]][[1]][[2]])<-list(members=1,height=0,edgetext="T",label="5HT",leaf=TRUE);
 tree[[5]][[2]]<-list();
 attributes(tree[[5]][[2]])<-list(members=2,height=1,edgetext="T");
  tree[[5]][[2]][[1]]<-list();
  attributes(tree[[5]][[2]][[1]])<-list(members=1,height=0,edgetext="H",label="5TH",leaf=TRUE);
  tree[[5]][[2]][[2]]<-list();
  attributes(tree[[5]][[2]][[2]])<-list(members=1,height=0,edgetext="T",label="5TT",leaf=TRUE);
tree[[6]]<-list();
attributes(tree[[6]])<-list(members=2,height=2,edgetext="6");
 tree[[6]][[1]]<-list();
 attributes(tree[[6]][[1]])<-list(members=1,height=0,edgetext="H",label="6H",leaf=TRUE);
 tree[[6]][[2]]<-list();
 attributes(tree[[6]][[2]])<-list(members=1,height=0,edgetext="T",label="6T",leaf=TRUE);


windows(width=3,rescale="fixed");
par(ps=8);
plot(rev(tree),center=TRUE,horiz=TRUE);