¿Cómo crear manualmente un dendrograma (o “hclust”) objeto? (En I)

Question

Tengo un dendrograma que me ha dado como imágenes. Dado que no es muy grande, que pueden construir "a mano" en un objeto R.

Así que mi pregunta es ¿cómo puedo crear manualmente un dendrograma (o "hclust") objeto cuando todo lo que tengo es la imagen dendrograma?

veo que hay una función llamada "as.dendrogram" Pero no fue capaz de encontrar un ejemplo de cómo utilizarlo.

(PD: Este post está siguiendo mi pregunta de aquí )

Muchas gracias, Tal

Answer 1

creo que es mejor de crear un objeto hclust y, a continuación, convirtiéndola en un dendrograma utilizando as.dendrogram, a continuación, tratando de crear un dendrograma directamente. Mira la página ?hclust ayuda a ver el significado de los elementos de un objeto hclust.

Aquí está un ejemplo sencillo con cuatro hojas A, B, C, y D, combinando primero AB, a continuación, CD, y finalmente AB-CD:

a <- list()  # initialize empty object
# define merging pattern: 
#    negative numbers are leaves, 
#    positive are merged clusters (defined by row number in $merge)
a$merge <- matrix(c(-1, -2,
                    -3, -4,
                     1,  2), nc=2, byrow=TRUE ) 
a$height <- c(1, 1.5, 3)    # define merge heights
a$order <- 1:4              # order of leaves(trivial if hand-entered)
a$labels <- LETTERS[1:4]    # labels of leaves
class(a) <- "hclust"        # make it an hclust object
plot(a)                     # look at the result   

#convert to a dendrogram object if needed
ad <- as.dendrogram(a)

Answer 2

completamente manual ... no se recomienda para grandes conjuntos de datos.

tree<-list();
attributes(tree)<-list(members=18,height=3);
class(tree)<-"dendrogram";

tree[[1]]<-list();
attributes(tree[[1]])<-list(members=4,height=2,edgetext="1");
 tree[[1]][[1]]<-list();
 attributes(tree[[1]][[1]])<-list(members=2,height=1,edgetext="H");
  tree[[1]][[1]][[1]]<-list();
  attributes(tree[[1]][[1]][[1]])<-list(members=1,height=0,edgetext="H",label="1HH",leaf=TRUE);
  tree[[1]][[1]][[2]]<-list();
  attributes(tree[[1]][[1]][[2]])<-list(members=1,height=0,edgetext="T",label="1HT",leaf=TRUE);
 tree[[1]][[2]]<-list();
 attributes(tree[[1]][[2]])<-list(members=2,height=1,edgetext="T");
  tree[[1]][[2]][[1]]<-list();
  attributes(tree[[1]][[2]][[1]])<-list(members=1,height=0,edgetext="H",label="1TH",leaf=TRUE);
  tree[[1]][[2]][[2]]<-list();
  attributes(tree[[1]][[2]][[2]])<-list(members=1,height=0,edgetext="T",label="1TT",leaf=TRUE);
tree[[2]]<-list();
attributes(tree[[2]])<-list(members=2,height=2,edgetext="2");
 tree[[2]][[1]]<-list();
 attributes(tree[[2]][[1]])<-list(members=1,height=0,edgetext="H",label="2H",leaf=TRUE);
 tree[[2]][[2]]<-list();
 attributes(tree[[2]][[2]])<-list(members=1,height=0,edgetext="T",label="2T",leaf=TRUE);
tree[[3]]<-list();
attributes(tree[[3]])<-list(members=4,height=2,edgetext="3");
 tree[[3]][[1]]<-list();
 attributes(tree[[3]][[1]])<-list(members=2,height=1,edgetext="H");
  tree[[3]][[1]][[1]]<-list();
  attributes(tree[[3]][[1]][[1]])<-list(members=1,height=0,edgetext="H",label="3HH",leaf=TRUE);
  tree[[3]][[1]][[2]]<-list();
  attributes(tree[[3]][[1]][[2]])<-list(members=1,height=0,edgetext="T",label="3HT",leaf=TRUE);
 tree[[3]][[2]]<-list();
 attributes(tree[[3]][[2]])<-list(members=2,height=1,edgetext="T");
  tree[[3]][[2]][[1]]<-list();
  attributes(tree[[3]][[2]][[1]])<-list(members=1,height=0,edgetext="H",label="3TH",leaf=TRUE);
  tree[[3]][[2]][[2]]<-list();
  attributes(tree[[3]][[2]][[2]])<-list(members=1,height=0,edgetext="T",label="3TT",leaf=TRUE);
tree[[4]]<-list();
attributes(tree[[4]])<-list(members=2,height=2,edgetext="4");
 tree[[4]][[1]]<-list();
 attributes(tree[[4]][[1]])<-list(members=1,height=0,edgetext="H",label="4H",leaf=TRUE);
 tree[[4]][[2]]<-list();
 attributes(tree[[4]][[2]])<-list(members=1,height=0,edgetext="T",label="4T",leaf=TRUE);
tree[[5]]<-list();
attributes(tree[[5]])<-list(members=4,height=2,edgetext="5");
 tree[[5]][[1]]<-list();
 attributes(tree[[5]][[1]])<-list(members=2,height=1,edgetext="H");
  tree[[5]][[1]][[1]]<-list();
  attributes(tree[[5]][[1]][[1]])<-list(members=1,height=0,edgetext="H",label="5HH",leaf=TRUE);
  tree[[5]][[1]][[2]]<-list();
  attributes(tree[[5]][[1]][[2]])<-list(members=1,height=0,edgetext="T",label="5HT",leaf=TRUE);
 tree[[5]][[2]]<-list();
 attributes(tree[[5]][[2]])<-list(members=2,height=1,edgetext="T");
  tree[[5]][[2]][[1]]<-list();
  attributes(tree[[5]][[2]][[1]])<-list(members=1,height=0,edgetext="H",label="5TH",leaf=TRUE);
  tree[[5]][[2]][[2]]<-list();
  attributes(tree[[5]][[2]][[2]])<-list(members=1,height=0,edgetext="T",label="5TT",leaf=TRUE);
tree[[6]]<-list();
attributes(tree[[6]])<-list(members=2,height=2,edgetext="6");
 tree[[6]][[1]]<-list();
 attributes(tree[[6]][[1]])<-list(members=1,height=0,edgetext="H",label="6H",leaf=TRUE);
 tree[[6]][[2]]<-list();
 attributes(tree[[6]][[2]])<-list(members=1,height=0,edgetext="T",label="6T",leaf=TRUE);


windows(width=3,rescale="fixed");
par(ps=8);
plot(rev(tree),center=TRUE,horiz=TRUE);