يتجاهل رابط وقت التشغيل RPATH في Solaris على Solaris

Question

أحاول التجميع Samtools على خادم Solaris حيث ليس لدي جذر. Samtools يعتمد على Zlib. لا يتم تجميع النظام Zlib على هذا الجهاز بدعم كبير من الملفات ، لذا فإن تجميع Samtools مقابل هذا الإصدار له التأثير المتوقع: Samtools يتعامل فقط مع الملفات الصغيرة. أحتاجها لتكون قادرة على التعامل مع الملفات الكبيرة. لحسن الحظ ، هناك نسخة من ZLIB جمعها المسؤول في /usr/local/apps/zlib-1.2.5/ بدعم كبير من الملفات. يمكنني التجميع ضد هذا عن طريق إضافة -R /usr/local/apps/zlib-1.2.5/lib إلى cflags ، ولكن هذا يبدو أنه لا يعمل. الأعراض على النحو التالي:

عندما أحاول تشغيل Samtools ، تعطل مع هذا الخطأ:

ld.so.1: samtools: fatal: relocation error: file samtools: symbol gzopen64: referenced symbol not found

إذا أضفت /usr/local/apps/zlib-1.2.5/ إلى ld_library_path ، ثم يعمل Samtools بشكل جيد.

تحليل Samtools مع LDD و Readelf يعطي ما يلي:

$ ldd -r samtools
        libnsl.so.1 =>   /usr/lib/libnsl.so.1
        libsocket.so.1 =>        /usr/lib/libsocket.so.1
        libresolv.so.2 =>        /usr/lib/libresolv.so.2
        libm.so.2 =>     /usr/lib/libm.so.2
        libcurses.so.1 =>        /usr/lib/libcurses.so.1
        libz.so =>       /usr/lib/libz.so
        libc.so.1 =>     /usr/lib/libc.so.1
        libmp.so.2 =>    /usr/lib/libmp.so.2
        libmd.so.1 =>    /usr/lib/libmd.so.1
        libscf.so.1 =>   /usr/lib/libscf.so.1
        libdoor.so.1 =>  /usr/lib/libdoor.so.1
        libuutil.so.1 =>         /usr/lib/libuutil.so.1
        libgen.so.1 =>   /usr/lib/libgen.so.1
        symbol not found: gzopen64              (samtools)

$ ldd -s samtools

   ...(snip)...

   find object=libz.so; required by samtools
    search path=/usr/lib:/usr/openwin/lib:/usr/dt/lib:/usr/local/lib  (LD_LIBRARY_PATH)
    trying path=/usr/lib/libz.so
        libz.so =>       /usr/lib/libz.so

   ...(snip)...

$ readelf -d samtools | grep RPATH
 0x0000000f (RPATH)                      Library rpath: [/usr/local/apps/zlib-1.2.5/lib:/usr/local/apps/gcc-4.5.1/lib]

لذا /usr/local/apps/zlib-1.2.5/lib من الواضح أنه في RPAT الثنائي ، الذي أفهم أنه من المفترض أن يتم البحث في وقت التشغيل للمكتبات المشتركة. لكن، ldd -s يوضح أن هذا الدليل لم يتم تفتيشه أبدًا. إن إضافة هذا المسار إلى ld_library_path وإعادة تشغيل أوامر LDD له التأثير المتوقع: يتم البحث في الدليل ويتم العثور على الإصدار الصحيح من libz.

فكيف يمكنني إجبار Samtools على البحث في /usr/local/apps/zlib-1.2.5/lib في وقت التشغيل دون استخدام ld_library_path؟

---

تحرير: الوثائق هنا يبدو أنه يشير إلى أن -R الخيار هو الشيء الصحيح الذي يجب القيام به. لكنه لا يعمل.

Answer 1

أنا لست خبيرًا في سولاريس بأي حال من الأحوال ، لكن هذا الخط:

find object=libz.so; required by samtools
 search path=/usr/lib:/usr/openwin/lib:/usr/dt/lib:/usr/local/lib  (LD_LIBRARY_PATH)

يبدو أنه يشير لي ذلك LD_LIBRARY_PATH تم تعيينه بالفعل ، و /usr/lib المسار فيه هو الأسبقية على أي مسارات رابط وقت التشغيل. هل يمكنك إلغاء تعيين ld_library_path إذا كان موجودًا في الواقع ومعرفة ما إذا كان هذا يحلها؟