Runtime linker ignora RPATH in eseguibile su Solaris

Question

Sto cercando di compilazione samtools sul server Solaris in cui non ho root. Samtools dipende zlib. Lo zlib di sistema su questa macchina non è compilato con il supporto di file di grandi dimensioni, in modo da compilare samtools contro questa versione ha l'effetto atteso: samtools gestire solo file di piccole dimensioni. Ho bisogno di essere in grado di gestire file di grandi dimensioni. Per fortuna, c'è una versione di zlib compilato dal admin in /usr/local/apps/zlib-1.2.5/ con supporto di file di grandi dimensioni. Posso compilare contro questo con l'aggiunta di -R /usr/local/apps/zlib-1.2.5/lib a CFLAGS, ma questo non sembra funzionare. I sintomi sono i seguenti:

Quando provo a fare funzionare samtools, si blocca con questo errore:

ld.so.1: samtools: fatal: relocation error: file samtools: symbol gzopen64: referenced symbol not found

Se aggiungo /usr/local/apps/zlib-1.2.5/ a LD_LIBRARY_PATH, poi samtools funziona bene.

L'analisi samtools con LDD e readelf ottengono i seguenti:

$ ldd -r samtools
        libnsl.so.1 =>   /usr/lib/libnsl.so.1
        libsocket.so.1 =>        /usr/lib/libsocket.so.1
        libresolv.so.2 =>        /usr/lib/libresolv.so.2
        libm.so.2 =>     /usr/lib/libm.so.2
        libcurses.so.1 =>        /usr/lib/libcurses.so.1
        libz.so =>       /usr/lib/libz.so
        libc.so.1 =>     /usr/lib/libc.so.1
        libmp.so.2 =>    /usr/lib/libmp.so.2
        libmd.so.1 =>    /usr/lib/libmd.so.1
        libscf.so.1 =>   /usr/lib/libscf.so.1
        libdoor.so.1 =>  /usr/lib/libdoor.so.1
        libuutil.so.1 =>         /usr/lib/libuutil.so.1
        libgen.so.1 =>   /usr/lib/libgen.so.1
        symbol not found: gzopen64              (samtools)

$ ldd -s samtools

   ...(snip)...

   find object=libz.so; required by samtools
    search path=/usr/lib:/usr/openwin/lib:/usr/dt/lib:/usr/local/lib  (LD_LIBRARY_PATH)
    trying path=/usr/lib/libz.so
        libz.so =>       /usr/lib/libz.so

   ...(snip)...

$ readelf -d samtools | grep RPATH
 0x0000000f (RPATH)                      Library rpath: [/usr/local/apps/zlib-1.2.5/lib:/usr/local/apps/gcc-4.5.1/lib]

Quindi /usr/local/apps/zlib-1.2.5/lib è chiaramente in RPATH del binario, che ho capito dovrebbe essere cercato in fase di esecuzione per le librerie condivise. Tuttavia, spettacoli ldd -s che questa directory non è mai cercati. L'aggiunta di questo percorso per LD_LIBRARY_PATH e ri-esecuzione dei comandi LDD ha l'effetto atteso:. La directory è cercato e la versione corretta di libz è trovato

Così come posso forzare samtools per la ricerca in /usr/local/apps/zlib-1.2.5/lib in fase di esecuzione senza l'utilizzo di LD_LIBRARY_PATH?

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Modifica: La documentazione qui sembrerebbe indicare che l'opzione -R è la cosa giusta da fare. Ma non funziona.

Answer 1

Sono in alcun modo un esperto di Solaris, ma questa linea:

find object=libz.so; required by samtools
 search path=/usr/lib:/usr/openwin/lib:/usr/dt/lib:/usr/local/lib  (LD_LIBRARY_PATH)

sembra indicare a me che LD_LIBRARY_PATH è già impostato, e il percorso /usr/lib in esso sta prendendo la precedenza su eventuali percorsi di runtime linker. Can LD_LIBRARY_PATH si torna dall 'se è in realtà presente e vedere se questo risolve?