视图用一个万顶点

Question

什么是最好的工具来使用，以形象化(绘制的顶点和边缘)一个图与1000000的顶点?有大约50000边缘的图表。我可以计算的位置的个人的的顶点和边缘。

我想写一个程序，以产生svg。任何其他建议吗？

Answer 1

我也建议 Gephi 软件 （https://gephi.github.io），这似乎很强大。有关使用的一些其他信息 Gephi 和 大型网络 可以被找寻到 这里 而且，更普遍地 这里. Cytoscape (http://www.cytoscape.org）是 Gephi, ，是一个复杂网络分析和可视化的另一个流行平台。

如果您想与网络合作 以编程方式 （包括可视化）在R，Python或C/C ++中，您可以检查 igraph 库的收集。说到R，您可能会发现以下博客文章很有趣： 将R与Cytoscape一起使用 (http://www.vesnam.com/rblog/viznets1）和继续 将R与Gephi一起使用 (http://www.vesnam.com/rblog/viznets2).

为了 广泛的列表 的 网络分析和可视化软件, ，包括一些比较和评论，您可能需要检查以下页面：1） http://wiki.cytoscape.org/network_analsisy_links; 2) http://www.kdnuggets.com/software/social-network-analysis.html; 3) http://www.activatenetworks.net/social-network-analysis-sna-software-review.

Answer 2

我觉得 Gephi 可能会面临缺乏记忆问题，您将至少需要8GB的RAM。尽管边缘数量并不大。

可能，在这种情况下，更合适的工具将是 GraphViz. 。这是用于网络可视化的命令行工具，大概对图形大小更宽容。而且，正如我记得的那样，在 GraphViz 可以使用预定的坐标来促进计算。

我试图找到使用的现实示例 GraphViz 有巨大的图表，但没有成功。虽然我发现了类似的讨论 计算科学.

Answer 3

https://gephi.github.io/ 说它可以处理一百万个边缘。如果您的图形具有1000000个顶点，只有50000个边缘，则大多数顶点都不会有任何边缘。

实际上，Gephi规格是您的示例的双重说法：“网络最多50,000个节点和1,000,000个边缘”

Answer 4

报告：我最终使用了编码GraphMl并使用YED进行可视化（仅仅因为我熟悉这种组合。我敢打赌Gephi或GraphViz会正常工作，甚至更好）。由于我计算了所有节点的位置，因此内存并不是一个问题。与编码SVG相比，编码GraphML比较容易一些，因为我不必明确指定边缘的放置。

Answer 5

pajekxxl 旨在处理巨大的网络。但是Pajek也是一个奇怪的程序，具有不直觉的界面。

Answer 6

我会推荐使用Graphexp.Gephi是高度依赖于RAM的计算机，这显然是有限的。Graphexp另一方面显示只有有限数量的节点，通过它可以浏览到其他节点。我有视线图700万顶点使用Graphexp作为用户界面和Janusgraph西班牙电信公司用精作为后端存储。 https://github.com/bricaud/graphexp

Answer 7

看一眼 Graphistry, ，他们可以处理1兆的节点和边缘。