设置距离矩阵和热图中的聚类方法2

Question

Heatmap.2默认值为DIST，用于计算距离矩阵和HCLUST用于聚类。现在，我如何设置如何使用欧几里得法和Hclust来使用质心方法？我提供了一个可编译的代码样本。我尝试过：distFun = dist（method =“ euclidean”），但这无效。有任何想法吗？

library("gplots")
library("RColorBrewer")

test <- matrix(c(79,38.6,30.2,10.8,22,
81,37.7,28.4,9.7,19.9,
82,36.2,26.8,9.8,20.9,
74,29.9,17.2,6.1,13.9,
81,37.4,20.5,6.7,14.6),ncol=5,byrow=TRUE)
colnames(test) <- c("18:0","18:1","18:2","18:3","20:0")
rownames(test) <- c("Sample 1","Sample 2","Sample 3", "Sample 4","Sample 5")
test <- as.table(test)
mat=data.matrix(test)

heatmap.2(mat,
dendrogram="row",
Rowv=TRUE,
Colv=NULL,
distfun = dist,
hclustfun = hclust,
xlab = "Lipid Species",
ylab = NULL,
colsep=c(1),
sepcolor="black",
key=TRUE,
keysize=1,
trace="none",
density.info=c("none"),
margins=c(8, 12),
col=bluered
)

Answer 1

瞥了一眼代码 heatmap.2 我很确定默认值是使用 dist, ，并且默认情况依次使用欧几里得距离。

您尝试通过的原因 distfun = dist(method = 'euclidean') 不起作用的是 distfun （和 hclustfun）应该只是 姓名 功能。因此，如果要更改默认值并通过参数，则需要像这样编写包装器函数：

heatmap.2(...,hclustfun = function(x) hclust(x,method = 'centroid'),...)

正如我提到的，我很确定 heatmap.2 默认情况下使用欧几里得距离，但是可以使用类似的解决方案来更改所使用的距离函数：

heatmap.2(...,distfun = function(x) dist(x,method = 'euclidean'),...)