FCLOSE（）导致段故障

StackOverflow https://stackoverflow.com/questions/1443164

题

我有我解析制表符分隔的文本文件。它的第一列包含格式chrX，其中X表示一组串，例如，“1”，“2”，...，“X”，“Y”的字符串。

这些各自存储在一个名为char* chromosome，作为文件被解析。

在文本文件上的第一列进行排序字典顺序，即，我将具有多个从开始“CHR1”的行，然后在“CHR2”等。

在每个“chrX”项，我需要打开与此相关的条目的另一个文件：

FILE *merbaseIn;

// loop through rows...

if (chromosome == NULL)                                                                                                                                                   
    openSourceFile(&chromosome, fieldArray[i], &merbaseIn, GENPATHIN);                                                                                                      
else {                                                                                                                                                                    
    if (strcmp(chromosome, fieldArray[i]) != 0) { // new chromosome                                                                                                   
        fclose(merbaseIn); // close old chromosome FILE ptr                                                                                                                                                                                                                                    
        free(chromosome); // free old chromosome ptr                                                                                                                          
        openSourceFile(&chromosome, fieldArray[i], &merbaseIn, GENPATHIN); // set up new chromosome FILE ptr                                                                  
    }                                                                                                                                                                       
}  
// parse row

我有被定义的功能openSourceFile如下：

void openSourceFile (char** chrome, const char* field, FILE** filePtr, const char *path) {
    char filename[100];                                                                                                                                                           
    *chrome = (char *) malloc ((size_t) strlen(field));
    if (*chrome == NULL) {                                                                                                                                                        
        fprintf(stderr, "ERROR: Cannot allocate memory for chromosome name!");                                                                                                      
        exit(EXIT_FAILURE);                                                                                                                                                         
    }                                                                                                                                                                             

    strcpy(*chrome, field);                                                                                                                                                       
    sprintf(filename,"%s%s.fa", path, field);                                                                                                                                     

    *filePtr = fopen(filename, "r");                                                                                                                                              
    if (*filePtr == NULL) {                                                                                                                                                       
        fprintf(stderr, "ERROR: Could not open fasta source file %s\n", filename);                                                                                                  
        exit(EXIT_FAILURE);                                                                                                                                                         
    }                                                                                                                                                                             
}

的问题是，我的应用程序段故障在以下行，其中我关闭我打开第一染色体文件从所述第一染色体去往第二（从chr1到chr2）退出：

fclose(merbaseIn);

我知道我不是过客fclose NULL指针，因为直到分段错误，我从这个文件中读取数据。我甚至可以把这个包在一个条件，我仍然得到了错误：

if (merbaseIn != NULL) {
    fclose(merbaseIn);
}

此外，我知道openSourceFile作品（至少对于chr1，设置当FILE*的第一文件句柄），因为我的应用程序解析chr1行和从正确FILE*源文件中读取数据。

这是关于这个fclose调用导致分段错误发生？

有帮助吗？

解决方案 

valgrind --db-attach=yes --leak-check=yes --tool=memcheck --num-callers=16 --leak-resolution=high ./yourprogram args

这是非常有可能的段错误是在堆上，没有任何影响真实当地人内存损坏引起的。 Valgrind的会马上告诉你第一个错误的访问你做。

编辑：--db-attach选项valgrind因为在2014年发布3.10.0已弃用发行说明状态：

The built-in GDB server capabilities are superior and should be used
instead. Learn more here:

http://valgrind.org /docs/manual/manual-core-adv.html#manual-core-adv.gdbserver

其他提示

一个错误我注意到是此行：

 *chrome = (char *) malloc ((size_t) strlen(field));

这应该是：

 *chrome = (char *) malloc ((size_t) strlen(field)+1);

这是因为串具有在端部的闭合0，这还必须以腾出空间给

最佳的猜测是，代码的一些其他部分是通过一个缓冲区溢出或类似错误腐败存储器。

虽然不太可能的原因，你当完整的文件名超过100个字符有潜在的溢出情况在你的文件名数组。

我建议使用调试器来观看由merbaseIn变量用于在存储器位置的变化。

通用指针问题

C是一种伟大的语言，但它需要你不揍你自己的记忆。除了问题先前指出其中的malloc是1个字节短，则可以具有其他的指针的问题。

我建议使用存储器调试器。在过去，电子围栏是相当受欢迎，但这些天我的听到更多的valgrind 。有很多其它的选择。

在除了错误由 reinier 发现，我怀疑：

free(chromosome);

应遵循：

chromosome = NULL;

，以防止一个不再有效的值的潜在用途。

为什么这个文件** filePtr如果只有这个FILE * filePtr就足够了？ 只是一个想法...

valgrind与memcheck肯定是发现分割故障原因的合适的工具。使用具有valgrind调试器，请注意--db-attach选项valgrind已经废弃了，因为Valgrind的3.10.0在2014年发行的发行说明状态：

The built-in GDB server capabilities are superior and should be used
instead. Learn more here:

http://valgrind.org /docs/manual/manual-core-adv.html#manual-core-adv.gdbserver

查看每次你使用的 “的malloc”的地方，看看你犯了一个错误。

例如，我把从文件读入一个char **行，但不正确地 malloced它为：

my_list = malloc(sizeof(char) * num_lines_found_in_file);

当它应该是：

my_list = malloc(sizeof(char*)* num_lines_found_in_file);
许可以下： CC-BY-SA 和 归因
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