在 Python 中读取 .mat 文件

StackOverflow https://stackoverflow.com/questions/874461

题

是否可以在 Python 中读取二进制 MATLAB .mat 文件？

我看到 SciPy 声称支持读取 .mat 文件，但我没有成功。我安装了SciPy版本0.7.0，但找不到 loadmat() 方法。

有帮助吗？

解决方案

需要一个进口，import scipy.io ... 

import scipy.io
mat = scipy.io.loadmat('file.mat')

其他提示

无论scipy.io.savemat，也不是为MATLAB阵列版本7.3 scipy.io.loadmat工作。但很大一部分是MATLAB 7.3版本文件HDF5数据集。因此，他们可以使用许多工具读取，包括 NumPy的。

对于Python，你将需要h5py扩展，这就要求HDF5您的系统上。

import numpy as np
import h5py
f = h5py.File('somefile.mat','r')
data = f.get('data/variable1')
data = np.array(data) # For converting to a NumPy array

首先保存.MAT文件：

save('test.mat', '-v7')

在此之后，在Python，使用通常的loadmat功能：

import scipy.io as sio
test = sio.loadmat('test.mat')

有一个很好的封装称为 mat4py 它可以很容易使用安装

pip install mat4py

有直接使用（从网站）：

<强>从MAT文件加载数据

该函数loadmat加载存储在MAT-文件到一个简单的Python数据结构，仅使用Python的dict和list对象的所有变量。数字和单元阵列被转换为行排序的嵌套列表。阵列被挤压，以消除阵列只有一个元素。将得到的数据结构是由简单类型，可与 JSON 格式兼容的

例：加载MAT文件转换为Python数据结构：

from mat4py import loadmat

data = loadmat('datafile.mat')

变量data是与包含在MAT-文件中的变量和值的dict。

保存一个Python数据结构MAT文件

Python数据可以保存到MAT文件，用函数savemat。数据具有相同的方式，作为loadmat被结构化的，即，它应当由简单的数据类型，如dict，list，str，int，和float。

例：保存一个Python数据结构MAT文件：

from mat4py import savemat

savemat('datafile.mat', data)

参数data应与变量dict。

具有安装在MATLAB 2014B或更新，所述 MATLAB引擎蟒可以使用：

import matlab.engine
eng = matlab.engine.start_matlab()
content = eng.load("example.mat", nargout=1)

<强>读取文件 

import scipy.io
mat = scipy.io.loadmat(file_name)

<强>检查MAT变量的类型 

print(type(mat))
#OUTPUT - <class 'dict'>

的键字典内是的 MATLAB变量，然后在值是分配给这些变量的物体 的

还有 用于 Python 的 MATLAB 引擎 由 MathWorks 本身提供。如果您有 MATLAB，这可能值得考虑（我自己没有尝试过，但它比仅仅读取 MATLAB 文件有更多的功能）。但是，我不知道是否允许将其分发给其他用户（如果这些人拥有 MATLAB，这可能不是问题。否则，也许 NumPy 是正确的选择？）。

另外，如果您想自己完成所有基础工作， MathWorks 提供 （如果链接发生变化，请尝试谷歌搜索 matfile_format.pdf 或其标题 MAT-FILE Format）有关文件格式结构的详细文档。它并不像我个人想象的那么复杂，但显然，这不是最简单的方法。它还取决于有多少功能 .mat- 您想要支持的文件。

我写了一个“小”（大约700行）Python脚本，它可以读取一些基本的内容 .mat- 文件。我既不是 Python 专家，也不是初学者，我花了大约两天的时间来编写它（使用上面链接的 MathWorks 文档）。我学到了很多新东西，而且非常有趣（大多数时候）。由于我在工作中编写了Python脚本，恐怕我无法发布它......但我可以在这里给一些建议：

  • 首先阅读文档。
  • 使用十六进制编辑器（例如 高×深）并查看参考文献 .mat- 你想要解析的文件。
  • 通过将字节保存到 .txt 文件并注释每一行来尝试弄清楚每个字节的含义。
  • 使用类来保存每个数据元素（例如 miCOMPRESSED, miMATRIX, mxDOUBLE, ， 或者 miINT32)
  • 这 .mat-文件的结构最适合将数据元素保存在树形数据结构中；每个节点有一个类和子节点
许可以下： CC-BY-SA 和 归因
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