将 S4 调度添加到基本 R S3 通用

Question

我正在尝试添加一个空间方法 merge 需要是 S4（因为它分派两个不同对象的类型）。

我尝试过使用 较早的解决方案 如下：

#' Merge a SpatialPolygonsDataFrame with a data.frame
#' @param SPDF A SpatialPolygonsDataFrame
#' @param df A data.frame
#' @param \dots Parameters to pass to merge.data.frame
#' 
#' @export
#' @docType methods
#' @rdname merge-methods
setGeneric("merge", function(SPDF, df, ...){
  cat("generic dispatch\n")
  standardGeneric("merge")
})
#' @rdname merge-methods
#' @aliases merge,SpatialPolygonsDataFrame,data.frame-method
setMethod("merge",c("SpatialPolygonsDataFrame","data.frame"), function(SPDF,df,...) {
  cat("method dispatch\n")
})

哪个有效：

x <- 1
class(x) <- "SpatialPolygonsDataFrame"
y <- data.frame()
> merge(x,y)
generic dispatch
method dispatch

你必须相信我，如果 x 确实是一个 SPDF 而不是伪造的，那么它不会返回你实际运行该代码时得到的插槽错误（或者不运行，只需使用下面更宽松的通用不会返回错误）。创建 SPDF 非常痛苦。

问题是它似乎覆盖了 S3 调度：

> merge(y,y)
generic dispatch
Error in function (classes, fdef, mtable)  : 
  unable to find an inherited method for function "merge", for signature "data.frame", "data.frame"

我该如何避免这种情况？我尝试消除函数定义 setGeneric 这样它就可以简单地读取 setGeneric("merge") 但这也行不通。我需要以某种方式导入 merge S3 通用自 base?

Answer 1

发生错误调度是因为泛型的主体不是“标准”（我认为原因是这样的，因为你做了一些除了调用之外的事情） standardGeneric("merge"), ，你知道你在做什么，所以不会自动默认；也许这是我编造的，这确实是一个错误）。解决方案是设置一个标准通用允许默认调度

setGeneric("merge")

或明确提供标准调度

setGeneric("merge", function(x, y, ...) standardGeneric("merge"))

或显式指定默认方法

setGeneric("merge", function(x, y, ...){
  cat("generic dispatch\n")
  standardGeneric("merge")
}, useAsDefault=base::merge)