Code :
awk '
{
for (i=8; i<=NF; i++) {
if ($i == $2) {
$i = "A";
}
else {
if ($i == $3) {
$i = "B";
}
else {
$i = 0;
}
}
}
print;
}' input
Or shorter :
awk '
{
for (i=8; i<=NF; i++) {
if ($i == $2)
$i="A";
else
if ($i == $3)
$i="B";
else
$i = 0;
}
}
1' input
Output :
rs10000004 C T 4 rs10000004 0 75625312 A A A A B 0 A B
rs10000005 G A 4 rs10000005 0 75625355 A 0 B B B A B B