Verallgemeinerte kleinste Quadrate erhalten Mittel für feste Effekte in nlme oder lme4

Question

Kleinste Quadrate Mittelwerte mit ihren Standardfehlern für das aov-Objekt können mit der model.tables-Funktion erhalten werden:

npk.aov <- aov(yield ~ block + N*P*K, npk)
model.tables(npk.aov, "means", se = TRUE)

Ich frage mich, wie man die verallgemeinerten Mittelwerte der kleinsten Quadrate mit ihren Standardfehlern aus nlme- oder lme4-Objekten erhält:

library(nlme)
data(Machines)
fm1Machine <- lme(score ~ Machine, data = Machines, random = ~ 1 | Worker )

Jeder Kommentar und Hinweis wird sehr geschätzt.Danke

Answer 1

lme und nlme passen durch die maximale Wahrscheinlichkeit oder die eingeschränkte maximale Wahrscheinlichkeit (letzteres ist die Standardeinstellung), sodass Ihre Ergebnisse auf einer dieser Methoden basieren

summary(fm1Machine) liefert Ihnen die Ausgabe, die die Mittelwerte und Standardfehler enthält:

....irrelevant output deleted
Fixed effects: score ~ Machine 
               Value Std.Error DF  t-value p-value
(Intercept) 52.35556  2.229312 46 23.48507       0
MachineB     7.96667  1.053883 46  7.55935       0
MachineC    13.91667  1.053883 46 13.20514       0
 Correlation: 
....irrelevant output deleted

Da Sie die festen Effekte mit einem Intercept versehen haben, erhalten Sie einen Intercept-Term im Ergebnis der festen Effekte anstelle eines Ergebnisses für MachineA.Die Ergebnisse für MachineB und MachineC sind Kontraste zum Achsenabschnitt. Um also die Mittelwerte für MachineB und MachineC zu erhalten, addieren Sie den Wert von jedem zum Intercept-Mittelwert.Die Standardfehler sind jedoch nicht die, die Sie möchten.

Um die gewünschten Informationen zu erhalten, passen Sie das Modell so an, dass es keinen Intercept-Term in den festen Effekten enthält (siehe den -1 am Ende der festen Effekte:

fm1Machine <- lme(score ~ Machine-1, data = Machines, random = ~ 1 | Worker )

Dies gibt Ihnen dann die Mittelwerte und die Standardfehlerausgabe, die Sie möchten:

....irrelevant output deleted
Fixed effects: score ~ Machine - 1 
            Value Std.Error DF  t-value p-value
MachineA 52.35556  2.229312 46 23.48507       0
MachineB 60.32222  2.229312 46 27.05867       0
MachineC 66.27222  2.229312 46 29.72765       0
....irrelevant output deleted

Answer 2

Um Douglas Bates aus zu zitieren

http://markmail.org/message/dqpk6ftztpbzgekm

"Ich habe den starken Verdacht, dass für die meisten Benutzer die Definition von lsmeans" die Zahlen sind, die ich von SAS erhalte, wenn ich eine lsmeans-Anweisung verwende ". Mein Vorschlag, solche Zahlen zu erhalten, besteht darin, eine SAS-Lizenz zu kaufen und zu verwendenSAS für Ihre Modelle. "