Ottenere i minimi quadrati generalizzati significa per effetti fissi in nlme o lme4

Question

Le medie dei minimi quadrati con i loro errori standard per l'oggetto aov possono essere ottenute con la funzione model.tables:

npk.aov <- aov(yield ~ block + N*P*K, npk)
model.tables(npk.aov, "means", se = TRUE)

Mi chiedo come ottenere le medie dei minimi quadrati generalizzate con i loro errori standard da oggetti nlme o lme4:

library(nlme)
data(Machines)
fm1Machine <- lme(score ~ Machine, data = Machines, random = ~ 1 | Worker )

Qualsiasi commento e suggerimento sarà molto apprezzato.Grazie

Answer 1

lme e nlme corrispondono alla massima verosimiglianza o alla massima verosimiglianza limitata (quest'ultima è l'impostazione predefinita), quindi i risultati saranno basati su uno di questi metodi

summary(fm1Machine) ti fornirà l'output che include i mezzi e gli errori standard:

....irrelevant output deleted
Fixed effects: score ~ Machine 
               Value Std.Error DF  t-value p-value
(Intercept) 52.35556  2.229312 46 23.48507       0
MachineB     7.96667  1.053883 46  7.55935       0
MachineC    13.91667  1.053883 46 13.20514       0
 Correlation: 
....irrelevant output deleted

Poiché hai adattato gli effetti fissi con un'intercetta, ottieni un termine di intercettazione nel risultato degli effetti fissi invece di un risultato per MachineA.I risultati per MachineB e MachineC sono in contrasto con l'intercetta, quindi per ottenere i mezzi per MachineB e MachineC, aggiungere il valore di ciascuno alla media dell'intercetta.Ma gli errori standard non sono quelli che vorresti.

Per ottenere le informazioni che stai cercando, adattare il modello in modo che non abbia un termine di intercettazione negli effetti fissi (vedi -1 alla fine degli effetti fissi:

fm1Machine <- lme(score ~ Machine-1, data = Machines, random = ~ 1 | Worker )

Questo ti darà quindi i mezzi e l'output di errore standard desiderati:

....irrelevant output deleted
Fixed effects: score ~ Machine - 1 
            Value Std.Error DF  t-value p-value
MachineA 52.35556  2.229312 46 23.48507       0
MachineB 60.32222  2.229312 46 27.05867       0
MachineC 66.27222  2.229312 46 29.72765       0
....irrelevant output deleted

Answer 2

Per citare Douglas Bates da

http://markmail.org/message/dqpk6ftztpbzgekm

"Ho il forte sospetto che, per la maggior parte degli utenti, la definizione di lsmeans sia" i numeri che ricevo da SAS quando utilizzo un'istruzione lsmeans ". Il mio suggerimento per ottenere tali numeri è acquistare una licenza SAS e utilizzareSAS per adattarsi ai tuoi modelli. "