Empfehlungen für die Entwicklung von Sweave Dokumente

Question

Ich bin auf der Suche zu optimieren meine Sweave Dokumentenerstellung, und ich würde gerne hören, über Menschen, die aktuellen Einstellungen. Ich fühle mich wie der heilige Gral geht in etwa so:

• Bearbeiten von Rnw Code auf einer Hälfte der Bildschirm
• Single Keybinding compiliert Sweave Dokument und läuft pdflatex
• PDF anzeigen auf der anderen Hälfte des Bildschirms; Einmal kompiliert, PDF wird aktualisiert und um den Teil des Dokuments Sie bearbeiten
zentriert
• Wenn Kompilierungsfehlern hat, ersetzen Sie die PDF-Datei mit den Ergebnissen der Zusammenstellung (zum Beispiel Latex Fehler oder Sweave Fehler)

Ich bin zu raten / die Hoffnung, dass die Lösung Teil Emacs / ESS ist kombiniert mit einigem Code für das Emacs-Profil und / oder einem schönen Makefile. Aber ich würde wirklich gerne über jedermanns bevorzugte Art und Weise hören schaffen Sweave und / oder Latex-Dokumente.

Answer 1

Ein paar andere R Benutzer ich verwenden gesprochen ein ‚Ein-Verzeichnis-per-Projekt‘ Aufbau und eine einfache Makefile. Wie Sie vermutet, das funktioniert gut mit Emacs / ESS.

Ich neige dazu, nur einen einfachen Shell-Skript sweave zu nennen, die ich vor, bevor ‚R CMD Sweave‘ geschrieben aufgenommen (wie ich neu zu erstellen oder das Kopieren des unattraktiv Makefile finden, YMMV). Ich benutze auch Emacs und ein Auto-Refresh pdf-Viewer (wie okular oder kpdf). Emacs23 kann direkt zu PDF-Dateien Vorschau aber ich habe noch meine Arbeit fließen zu, dass wechseln.

edd@ron:~$ cat bin/sweave
#!/bin/bash -e

function errorexit () {
    echo "Error: $1"
    exit 1
}

function filetest () {
    if [ ! -f $1 ]; then
       errorexit "File $1 not found"
    fi
    return 0
}


if [ "$#" -lt 1 ]; then
    errorexit "Need to specify argument file"
fi


BASENAME=$(basename $1 .Rnw)

RNWFILE=$BASENAME.Rnw
filetest $RNWFILE
echo "library(tools); Sweave(\"$RNWFILE\")" \
      | R --no-save --no-restore --slave

LATEXFILE=$BASENAME.tex
filetest $LATEXFILE && pdflatex $LATEXFILE

Answer 2

Sie können alles tun, dass Sie vorschlagen, dort mit dem StatET Plugin für Eclipse. Das ist, was ich für Sweave Entwicklung verwenden; es versteht sowohl Latex und R sehr gut, einschließlich der Syntax-Hervorhebung, etc.

Sie können es hier: http://www.walware.de/goto/statet.

Longhow Lam hat eine schöne Anleitung geschrieben: http://www.splusbook.com/Rintro /R_Eclipse_StatET.pdf .

http://www.statalgo.com/?p=93

Answer 3

Ich benutze TeXShop auf OS X alle meine LaTeX und Sweave Berichte erstellen . Für mich ist eine neue Compilation-Pipeline so einfach wie das Hinzufügen einer Datei, Sweave.engine zu ~/Library/TeXShop/Engines/ genannt, die enthält:

#!/usr/bin/env Rscript
args <- commandArgs(T)

fname <- strsplit(args[1],'\\.')[[1]][2]

Sweave(paste(fname,'Rnw',sep='.'))

system(paste('pdflatex',paste(fname,'tex',sep='.')))

Sweave sind jetzt ein wählbares Verfahren zur Herstellung ein Dokument innerhalb TeXShop kompilieren. Ich kann es als Standard-für ein Dokument sein, indem die folgenden TeX Hash-Bang auf den Anfang der Datei hinzu:

% !TEX TS-program = Sweave

Schlagen Cmd-T wird die Dokument- der pdf typeset erscheint automatisch in einem separaten Fenster. TeXShop enthält auch SyncTeX Technologie so ein Cmd-Klicken Sie in der Rnw Quelle wird die entsprechende Ausgabe in der Highlight PDF-Fenster und ein Cmd-Klicken Sie im PDF-Fenster wird die entsprechende Eingabe in der Rnw Quelle markieren.

TeXShop ist Mac-only aber eine große Qt / poppler-basierten Klon, TeXworks ist für Linux, Windows und Mac und unterstützt viele der gleichen Eigenschaften-- einschließlich TeX Hash-Pony und SyncTeX. TeXworks hat einen Reifegrad erreicht, an dem es in der Version 2.8 des MikTeX Paket für Windows.

Answer 4

Versuchen Sie RStudio .

Ich habe ein Fan von Emacs und TeXShop wie in früheren Antworten erwähnt.

Allerdings Rstudio beginnt mich zu gewinnen. Es ist eine sich schnell verbessernden gewidmet IDE für R. Auf jeden Fall einen Besuch wert.

ich immer noch liebe es, bestimmte R-nur Entwicklungsaufgaben im Standard R IDE für mac. Aber für Sweave Dokumente und einige zugehörige R Entwick zugleich gewinnt RStudio. Es funktioniert mit praktisch Null Zwicken. Ich bin mir nicht sicher über die PDF-bezogene Funktionen in der zweiten Hälfte der ursprünglichen Frage.

Answer 5

Eine Sache, die mir etwas Zeit gerettet hat, ist die ‚Auto-Insert‘ -Modus in Emacs. Ich habe es so eingerichtet, dass jedes Mal, wenn ich eine neue .rnw Datei öffnen, Emacs stellt automatisch eine grundlegende Dokumentvorlage und alles was ich brauche bis zu tun beginnen meinen Bericht zu schreiben.

Update: Ich habe weggeschaltet von auto-Einsatz. Jetzt benutze ich die "template.el" -Ansatz.

Answer 6

Ich verwende das „one-Verzeichnis-per-Projekt“ und Makefile-Ansatz als auch. Ich auch Befehle Ausgabe in HTML zu erstellen, die dann in OOo und MS Word umgewandelt werden können, tth verwenden. Dies ist für mich wichtig, da viele meiner Mitarbeiter MS Office-Benutzer sind und sind beständig die PDF-Ausgabe zu verwenden. Ich habe viel gelernt darüber, wie dies zu tun, von Frank Harrell twiki an der Vanderbilt.

Ich persönlich verwende Gvim als meinen Editor der Wahl und läuft make von dort ganz einfach ist, wie es von Emacs ist.