Recomendaciones para el desarrollo de documentos Sweave

StackOverflow https://stackoverflow.com/questions/1379549

  •  21-09-2019
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Pregunta

Estoy buscando para agilizar mi Sweave creación de documentos, y me gustaría escuchar sobre las configuraciones actuales de las personas. Siento que el Santo Grial es algo como esto:

  • Edición de código Rnw en una mitad de la pantalla
  • compila individuales combinación de teclas documento Sweave y corre pdflatex
  • Ver PDF en la otra mitad de la pantalla; una vez compilado, PDF se actualiza y centra alrededor de la parte del documento que se está editando
  • Si la compilación tiene errores, vuelva a colocar el PDF con los resultados de la compilación (por ejemplo, errores de látex o errores Sweave)

Estoy adivinando / la esperanza de que la solución es parte de Emacs / SEE combina con algo de código para el perfil de Emacs y / o un buen Makefile. Pero realmente me gustaría saber de forma preferida de todo el mundo de la creación Sweave y / o documentos de látex.

¿Fue útil?

Solución

Algunos otros usuarios R que hablé utilizar una configuración 'uno-directorio-por-proyecto', y un sencillo Makefile. Como se sospechaba, que funciona bien con Emacs / ESS.

Normalmente tiendo a llamar a un simple sweave shell script que escribí antes de antes de añadir 'R CMD Sweave' (como me parece volver a crear o copiar el Makefile poco atractivo, tu caso es distinto). También uso Emacs y un visor de PDF que se actualicen automáticamente (como okular o kpdf). Emacs23 puede previsualizar los archivos PDF directamente también, pero todavía tengo que cambiar mi flujo de trabajo para eso. 

edd@ron:~$ cat bin/sweave
#!/bin/bash -e

function errorexit () {
    echo "Error: $1"
    exit 1
}

function filetest () {
    if [ ! -f $1 ]; then
       errorexit "File $1 not found"
    fi
    return 0
}


if [ "$#" -lt 1 ]; then
    errorexit "Need to specify argument file"
fi


BASENAME=$(basename $1 .Rnw)

RNWFILE=$BASENAME.Rnw
filetest $RNWFILE
echo "library(tools); Sweave(\"$RNWFILE\")" \
      | R --no-save --no-restore --slave

LATEXFILE=$BASENAME.tex
filetest $LATEXFILE && pdflatex $LATEXFILE

Otros consejos

Puede hacer todo lo que usted sugiere allí con el plugin para Eclipse Statet. Eso es lo que yo uso para el desarrollo Sweave; se entiende tanto látex y R muy bien, incluyendo resaltado de sintaxis, etc.

Puede obtenerlo aquí: http://www.walware.de/goto/statet.

Longhow Lam ha escrito una buena guía: http://www.splusbook.com/Rintro /R_Eclipse_StatET.pdf .

http://www.statalgo.com/?p=93

TeXShop en OS X para producir toda mi LaTeX y reporta Sweave . Para mí, una nueva tubería compilación es tan simple como añadir un archivo, llamado Sweave.engine a ~/Library/TeXShop/Engines/ que contiene lo siguiente: 

#!/usr/bin/env Rscript
args <- commandArgs(T)

fname <- strsplit(args[1],'\\.')[[1]][2]

Sweave(paste(fname,'Rnw',sep='.'))

system(paste('pdflatex',paste(fname,'tex',sep='.')))

Sweave es ahora un método de selección de compilar un documento en el interior TeXShop. Puedo configurarlo para que sea el predeterminado para un documento, añadiendo la siguiente TeX de hash-bang a la parte superior del archivo: 

% !TEX TS-program = Sweave

Golpear Cmd-T se componga el documento- el pdf aparece automáticamente en una ventana separada. TeXShop también incorpora SyncTeX la tecnología por lo que un Cmd-Click en la fuente Rnw pondrá de relieve la salida correspondiente en el ventana de PDF y una Cmd-clic en la ventana de PDF destacarán la entrada correspondiente en la fuente Rnw.

TeXShop es sólo para Mac, pero un gran clon de Qt / a base de poppler, texworks , es disponible para Linux, Windows y Mac y soporta muchos de los mismos rasgos señalados- incluyendo TeX de hash-bang y SyncTeX. Texworks ha alcanzado un nivel de madurez en el que se incluye en la versión 2.8 de la href="http://miktex.org/" rel="nofollow noreferrer"> paquete

Trate rstudio .

He sido un fan de Emacs y TeXShop como se menciona en las respuestas anteriores.

Sin embargo, rstudio está empezando a conquistarme. Es un IDE dedicada rápidamente-mejorando para R. Definitivamente vale la pena echarle un vistazo.

Todavía amo hacer ciertas tareas de I-única de desarrollo en el estándar R IDE para mac. Sin embargo, para algunos documentos Sweave y desa R asociada al mismo tiempo, rstudio gana. Funciona con prácticamente cero ajustes. No estoy seguro acerca de las características relacionadas con PDF en la segunda mitad de la pregunta original.

Una cosa que me ha ahorrado algo de tiempo es el modo 'de inserción automática' en Emacs. Lo tengo configurado para que cada vez que se abre un nuevo archivo .rnw, emacs se establece automáticamente una plantilla básica de documentos y todo lo que hay que hacer es empezar a escribir mi informe.

Actualización: He cambiado lejos de inserción automática. Ahora uso el enfoque "template.el".

Yo uso el "proyecto de un directorio-per-" y el enfoque Makefile así. También incluyo comandos para crear la salida en HTML, que luego puede ser convertido a OOo y MS Word, usando Tth. Esto es importante para mí, ya que muchos de mis colaboradores son usuarios de MS Office y son resistentes a la utilización de la salida PDF. He aprendido mucho acerca de cómo hacer esto desde twiki de Frank Harrell en Vanderbilt.

Personalmente yo uso gvim como mi editor de elección y funcionamiento make desde allí es bastante simple, ya que es a partir de Emacs.

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