Wie man R mit Java (mit Eclipse) verbinden
https://stackoverflow.com/questions/1203662
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Sehr Neuling (Java) Frage:
Ich öffnete eine rserve Verbindung ( http://www.rforge.net/Rserve/ ) auf localhost, und ich mochte die REngine Client (src / client / java-neu im rserve Paket verwenden), um es zu verbinden.
Was muss ich die "RTest.java" (in src / client / java-new / rserve befindet, klebte unten) zu erhalten, zu tun? Zu kompilieren
Ich nehme an, dass ich die org.rosuda kompilieren. * Bibliotheken. Wie kann ich das mit Eclipse 3.5? Ich habe versucht, das „src / client / java-neue“ Ordner in mein Java-Projekt „src“ Verzeichnis kopieren, direkt in Eclipse klicken -> Build-Pfad -> Verwendung als Quellordner. Aber ich glaube nicht, das genug ist, um das „org.rosuda“ Paket zu erstellen, weil ich eine sehe nicht, „org / rosuda“ Verzeichnisstruktur überall erstellt (und jene ominösen roten Linien in Eclipse nicht verschwinden).
Wer dies kürzlich getan, Pflege einen Zeiger bieten? Dank viel.
import org.rosuda.REngine.*;
import org.rosuda.REngine.Rserve.*;
class TestException extends Exception {
public TestException(String msg) { super(msg); }
}
public class test {
public static void main(String[] args) {
try {
RConnection c = new RConnection();
System.out.println(">>"+c.eval("R.version$version.string").asString()+"<<");
{
System.out.println("* Test string and list retrieval");
RList l = c.eval("{d=data.frame(\"huhu\",c(11:20)); lapply(d,as.character)}").asList();
int cols = l.size();
int rows = l.at(0).length();
String[][] s = new String[cols][];
for (int i=0; i<cols; i++) s[i]=l.at(i).asStrings();
System.out.println("PASSED");
}
{
System.out.println("* Test NA/NaN support in double vectors...");
double R_NA = Double.longBitsToDouble(0x7ff00000000007a2L);
// int R_NA_int = -2147483648; // just for completeness
double x[] = { 1.0, 0.5, R_NA, Double.NaN, 3.5 };
c.assign("x",x);
String nas = c.eval("paste(capture.output(print(x)),collapse='\\n')").asString();
System.out.println(nas);
if (!nas.equals("[1] 1.0 0.5 NA NaN 3.5"))
throw new TestException("NA/NaN assign+retrieve test failed");
System.out.println("PASSED");
}
{
System.out.println("* Test assigning of lists and vectors ...");
RList l = new RList();
l.put("a",new REXPInteger(new int[] { 0,1,2,3}));
l.put("b",new REXPDouble(new double[] { 0.5,1.2,2.3,3.0}));
System.out.println(" assign x=pairlist");
c.assign("x", new REXPList(l));
System.out.println(" assign y=vector");
c.assign("y", new REXPGenericVector(l));
System.out.println(" assign z=data.frame");
c.assign("z", REXP.createDataFrame(l));
System.out.println(" pull all three back to Java");
REXP x = c.parseAndEval("x");
System.out.println(" x = "+x);
x = c.eval("y");
System.out.println(" y = "+x);
x = c.eval("z");
System.out.println(" z = "+x);
System.out.println("PASSED");
}
{
System.out.println("* Test support for logicals ... ");
System.out.println(" assign b={true,false,true}");
c.assign("b", new REXPLogical(new boolean[] { true, false, true }));
REXP x = c.parseAndEval("b");
System.out.println(" " + ((x != null) ? x.toDebugString() : "NULL"));
if (!x.isLogical() || x.length() != 3)
throw new TestException("boolean array assign+retrieve test failed");
boolean q[] = ((REXPLogical)x).isTRUE();
if (q[0] != true || q[1] != false || q[2] != true)
throw new TestException("boolean array assign+retrieve test failed (value mismatch)");
System.out.println(" get c(TRUE,FLASE,NA)");
x = c.parseAndEval("c(TRUE,FALSE,NA)");
System.out.println(" " + ((x != null) ? x.toDebugString() : "NULL"));
if (!x.isLogical() || x.length() != 3)
throw new TestException("boolean array NA test failed");
boolean q1[] = ((REXPLogical)x).isTRUE();
boolean q2[] = ((REXPLogical)x).isFALSE();
boolean q3[] = ((REXPLogical)x).isNA();
if (q1[0] != true || q1[1] != false || q1[2] != false ||
q2[0] != false || q2[1] != true || q2[2] != false ||
q3[0] != false || q3[1] != false || q3[2] != true)
throw new TestException("boolean array NA test failed (value mismatch)");
}
{ // regression: object bit was not set for Java-side generated objects before 0.5-3
System.out.println("* Testing functionality of assembled S3 objects ...");
// we have already assigned the data.frame in previous test, so we jsut re-use it
REXP x = c.parseAndEval("z[2,2]");
System.out.println(" z[2,2] = " + x);
if (x == null || x.length() != 1 || x.asDouble() != 1.2)
throw new TestException("S3 object bit regression test failed");
System.out.println("PASSED");
}
{ // this test does a pull and push of a data frame. It will fail when the S3 test above failed.
System.out.println("* Testing pass-though capability for data.frames ...");
REXP df = c.parseAndEval("{data(iris); iris}");
c.assign("df", df);
REXP x = c.eval("identical(df, iris)");
System.out.println(" identical(df, iris) = "+x);
if (x == null || !x.isLogical() || x.length() != 1 || !((REXPLogical)x).isTrue()[0])
throw new TestException("Pass-through test for a data.frame failed");
System.out.println("PASSED");
}
{ // factors
System.out.println("* Test support of factors");
REXP f = c.parseAndEval("factor(paste('F',as.integer(runif(20)*5),sep=''))");
System.out.println(" f="+f);
System.out.println(" isFactor: "+f.isFactor()+", asFactor: "+f.asFactor());
if (!f.isFactor() || f.asFactor() == null) throw new TestException("factor test failed");
System.out.println(" singe-level factor used to degenerate:");
f = c.parseAndEval("factor('foo')");
System.out.println(" isFactor: "+f.isFactor()+", asFactor: "+f.asFactor());
if (!f.isFactor() || f.asFactor() == null) throw new TestException("single factor test failed (not a factor)");
if (!f.asFactor().at(0).equals("foo")) throw new TestException("single factor test failed (wrong value)");
System.out.println(" test factors with null elements contents:");
c.assign("f", new REXPFactor(new RFactor(new String[] { "foo", "bar", "foo", "foo", null, "bar" })));
f = c.parseAndEval("f");
if (!f.isFactor() || f.asFactor() == null) throw new TestException("factor assign-eval test failed (not a factor)");
System.out.println(" f = "+f.asFactor());
f = c.parseAndEval("as.factor(c(1,'a','b',1,'b'))");
System.out.println(" f = "+f);
if (!f.isFactor() || f.asFactor() == null) throw new TestException("factor test failed (not a factor)");
System.out.println("PASSED");
}
{
System.out.println("* Lowess test");
double x[] = c.eval("rnorm(100)").asDoubles();
double y[] = c.eval("rnorm(100)").asDoubles();
c.assign("x", x);
c.assign("y", y);
RList l = c.parseAndEval("lowess(x,y)").asList();
System.out.println(" "+l);
x = l.at("x").asDoubles();
y = l.at("y").asDoubles();
System.out.println("PASSED");
}
{
// multi-line expressions
System.out.println("* Test multi-line expressions");
if (c.eval("{ a=1:10\nb=11:20\nmean(b-a) }\n").asInteger()!=10)
throw new TestException("multi-line test failed.");
System.out.println("PASSED");
}
{
System.out.println("* Matrix tests\n matrix: create a matrix");
int m=100, n=100;
double[] mat=new double[m*n];
int i=0;
while (i<m*n) mat[i++]=i/100;
System.out.println(" matrix: assign a matrix");
c.assign("m", mat);
c.voidEval("m<-matrix(m,"+m+","+n+")");
System.out.println("matrix: cross-product");
double[][] mr=c.parseAndEval("crossprod(m,m)").asDoubleMatrix();
System.out.println("PASSED");
}
{
System.out.println("* Test serialization and raw vectors");
byte[] b = c.eval("serialize(ls, NULL, ascii=FALSE)").asBytes();
System.out.println(" serialized ls is "+b.length+" bytes long");
c.assign("r", new REXPRaw(b));
String[] s = c.eval("unserialize(r)()").asStrings();
System.out.println(" we have "+s.length+" items in the workspace");
System.out.println("PASSED");
}
{ // string encoding test (will work with Rserve 0.5-3 and higher only)
System.out.println("* Test string encoding support ...");
String t = "ひらがな"; // hiragana (literally, in hiragana ;))
c.setStringEncoding("utf8");
// -- Just in case the console is not UTF-8 don't display it
//System.out.println(" unicode text: "+t);
c.assign("s", t);
REXP x = c.parseAndEval("nchar(s)");
System.out.println(" nchar = " + x);
if (x == null || !x.isInteger() || x.asInteger() != 4)
throw new TestException("UTF-8 encoding string length test failed");
// we cannot really test any other encoding ..
System.out.println("PASSED");
}
} catch (RserveException rse) {
System.out.println(rse);
} catch (REXPMismatchException mme) {
System.out.println(mme);
mme.printStackTrace();
} catch(TestException te) {
System.err.println("** Test failed: "+te.getMessage());
te.printStackTrace();
} catch (Exception e) {
e.printStackTrace();
}
}
}
Lösung
Ich kann Ihnen nicht mit dem Java Aspekte helfen, neben der Feststellung, dass auf meinem Linux-Rechner, einfach make Aufruf funktioniert den Trick:
/tmp/java-new$ make
javac -d . -source 1.4 -target 1.4 MutableREXP.java REngineException.java REngine.java REXPDouble.java REXPEnvironment.java REXPExpressionVector.java REXPFactor.java REXPGenericVector.java REXPInteger.java REXP.java REXPLanguage.java REXPList.java REXPLogical.java REXPMismatchException.java REXPNull.java REXPRaw.java REXPReference.javaREXPS4.java REXPString.java REXPSymbol.java REXPUnknown.java REXPVector.java RFactor.java RList.java
jar fc REngine.jar org
rm -rf org
javac -d . -cp REngine.jar Rserve/RConnection.java Rserve/RFileInputStream.java Rserve/RFileOutputStream.java Rserve/RserveException.java Rserve/RSession.java Rserve/protocol/jcrypt.java Rserve/protocol/REXPFactory.java Rserve/protocol/RPacket.java Rserve/protocol/RTalk.java
Note: Rserve/protocol/REXPFactory.java uses unchecked or unsafe operations.
Note: Recompile with -Xlint:unchecked for details.
jar fc Rserve.jar org
rm -rf org
Ebenso mit dem Beispiel Verzeichnis, das Sie erwähnte - es baut auf meiner Linux-Maschine in Ordnung nur sagen, ‚machen‘. Ich glaube nicht, Eclipse und kann nicht mit diesem Aspekt helfen.
Die C ++ Beispiele laufen auch gut als auch (obwohl ich das Makefile anzupassen benötigt, um sie zu bauen).
Sie müssen möglicherweise auf die Rosuda Liste für Rserv stellen.
Andere Tipps
Ja, in der Tat. Kompilieren Sie die JAR wie Dirk angegeben, dann in Eclipse Rechtsklick -> Add-Pfad zu bauen, und die org.rosuda * Paket wird erstellt und kann wie in den Beispielen importiert werden
..FWIW sind die JAR-Dateien auch direkt aus der rserve Website zur Verfügung: http://www.rforge.net/Rserve/files/
Und ja, „make“ ist alles, was Sie ausführen müssen, um die JAR-Dateien aus den Quellen zu erstellen (funktioniert auf jeder Plattform, einschließlich Windows).
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