You can use Math.Abs
:
string.Format("{0:00}:{1:00}", Math.Floor((decimal)ts.Hours), Math.Abs(ts.Minutes))
Examples:
TimeSpan ts = new TimeSpan(-1, -1, 0); // returns -01:01
ts = new TimeSpan(-1, 1, 0); // returns -00:59
ts = new TimeSpan(1, 1, 0); // returns 01:01