PDFs texto completo de los artículos en PubMed

Question

Mientras se trabaja en un proyecto que necesito para descargar y procesar los artículos completos para PubMed resúmenes, ¿hay algún código implementado o herramienta que permite al usuario introducir un conjunto de identificadores y las descargas de los artículos de texto completo gratuitos para el mismo PubMed. Cualquier tipo de ayuda o consejos es muy apreciada.

Answer 1

No creo que sea posible, en general, debido a la naturaleza de PubMed. Lo mejor que se va a hacer es obtener de los artículos subconjunto de Acceso Abierto de PubMedCentral. PubMedCentral Tienes una número de utilidades en línea para hacer el trabajo.

Answer 2

Las empresas de servicios públicos StompChicken puntos que son para los editores para validar su XML antes de su presentación al PMC, no son herramientas para la descarga.

Tenga en cuenta que la gran mayoría de los artículos en PMC no son de acceso abierto (OA) y por lo tanto no se pueden descargar automáticamente (legalmente) por cualquier medio. NCBI advierte:

• La mayoría de los artículos en PMC están sujetos a las restricciones tradicionales de derechos de autor y no son parte de este subgrupo. Lea el PMC Aviso de copyright para obtener más información.
• El servicio de PMC OAI y el servicio FTP PMC son los únicos servicios que pueden ser utilizados para la descarga automática de los artículos de este subconjunto de acceso abierto.
Está prohibido
• La recuperación sistemática (descargan a granel) de artículos a través de cualquier otro proceso automatizado, incluso si sólo se está recuperando artículos de este subconjunto.
• Algunas revistas utilizan la etiqueta de "acceso abierto" para un artículo que está disponible gratuitamente en el momento de la publicación, pero aún está sujeta a restricciones de derechos de autor tradicionales. Tales artículos no son parte de este subgrupo.

Para la descarga de contenido PMC, la mejor forma de hacerlo es utilizar el servicio de PMC Open Access FTP: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/tools/ftp/

También puede utilizar eutils para consultar el PMC y descargar el texto completo del subgrupo OA, así como resúmenes del resto: http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/corehtml/query/static/efetchlit_help.html

Otra alternativa es utilizar el servicio OAI: http: // www. ncbi.nlm.nih.gov/pmc/tools/oai/

El servicio OAI es terriblemente documentado, pero algunos consejos para empezar está aquí: http: / /www.biostars.org/p/2076/#13338

Si desea mantener y actualizar un repositorio PMC, tratar pubtools: http://code.google .com / p / pubtools /