No creo que necesite ajustar a Ember para eso. La solución simple es antes de las cargas de aplicación Ember, puede ejecutar el siguiente código.
var url = window.location.toString();
if(url.split('#!').length==1) {
if(url.split('#').length==2) {
window.location = url.split('#')[0]+'#!' + url.split('#')[1];
}
}
¡Básicamente, lo que hace es reescribir la URL a #!.
ACTUALIZAR: De lo contrario, una forma más es escribir el código anterior en inicializadores de Ember.
Aquí está el jsbin http://emberjs.jsbin.com/alireto/1#post