Eu não acho que você precisa ajustar a brasa para isso. A solução simples é antes das cargas de aplicativos da EMBER, você pode executar o seguinte código.
var url = window.location.toString();
if(url.split('#!').length==1) {
if(url.split('#').length==2) {
window.location = url.split('#')[0]+'#!' + url.split('#')[1];
}
}
Basicamente, o que faz é reescrever o URL para #!.
ATUALIZAR: Caso contrário, mais uma maneira é escrever um código acima dos inicializadores de Ember.
Aqui está o jsbin http://emberjs.jsbin.com/alireto/1#post