Encontré la respuesta, tuve que configurar.
chart1.Series[0].EmptyPointStyle.Color = Color.Transparent;
Además, para eliminar la siguiente propiedad de la serie, esto estaba interfiriendo con el estilo anterior y siempre estaba dibujando el punto a pesar de establecer el color de punto vacío.
BackGradientStyle = GradientStyle.TopBottom,