Eu encontrei a resposta, tive que definir.
chart1.Series[0].EmptyPointStyle.Color = Color.Transparent;
Além disso, para remover a propriedade abaixo da série, isso estava interferindo no estilo acima e estava sempre desenhando o ponto, apesar de definir a cor do ponto vazio.
BackGradientStyle = GradientStyle.TopBottom,