Una forma de hacer una página de mantenimiento es usar la función App_offline.htm de IIS. Usando esta función, podrá mostrar la misma página HTML a todos sus usuarios que los notifiquen sobre el mantenimiento.
Hay una buena publicación aquí en Stackoverflow al respecto. ASP.NET 2.0 - Cómo usar app_offline.htm.
Otra cosa que podría hacer es notificar a sus usuarios que hay un mantenimiento programado para que también sean conscientes y dejen de usar la aplicación.
Todo eso depende del tiempo que necesite actualizar su aplicación. Si la actualización es cargar los nuevos archivos y no tomar más que uno o dos minutos, es probable que sus usuarios ni siquiera lo vean.