Transferencia de diseño de NetworkX a Cytoscape

Question

Quiero usar NetworkX para generar un diseño para un gráfico. ¿Es posible transferir este diseño a cytoscape y dibujarlo allí? Intenté simplemente escribir un gráfico como

import networkx as nx
G = nx.Graph()
G.add_edge(0,1,weight=.1)
G.add_edge(2,1,weight=.2)
nx.write_gml(G,'g.gml')
nx.write_graphml(G,'g.xml')

Pero ninguno de estos se lee en Cytoscape. No estoy seguro de cómo transferir el gráfico en un formato que pueda incluir posiciones.

Answer 1

Su g.xml El archivo GraphML se ve bien y se carga en Cytoscape para mí (estoy en una Mac). ¿Ha instalado el lector grafm ¿enchufar?

Si no, descárguelo y déjelo caer en su carpeta de complementos, luego reinicie Cytoscape e intente cargar el g.xml Red de nuevo.

Actualizar Aquí hay algún código para agregar los gráficos. Es un poco detallado, y es posible que pueda omitir algunos de los atributos dependiendo de sus necesidades:

import networkx as nx

G = nx.Graph()
G.add_edge(0, 1, weight=0.1, label='edge', graphics={
    'width': 1.0, 'fill': '"#0000ff"', 'type': '"line"', 'Line': [],
    'source_arrow': 0, 'target_arrow': 0})
nx.set_node_attributes(G, 'graphics', {
    0: {'x': -85.0, 'y': -97.0, 'w': 20.0, 'h': 20.0,
        'type': '"ellipse"', 'fill': '"#889999"', 'outline': '"#666666"',
        'outline_width': 1.0},
    1: {'x': -16.0, 'y': -1.0, 'w': 40.0, 'h': 40.0,
        'type': '"ellipse"', 'fill': '"#ff9999"', 'outline': '"#666666"',
        'outline_width': 1.0}
    })
nx.set_node_attributes(G, 'label', {0: "0", 1: "1"})
nx.write_gml(G, 'network.gml')

Resultado: