Uso de shlib para compilar y cargar la función RCPP independiente
Pregunta
Estoy tratando de compilar la siguiente función con SHLIB
(guardado como foo.cpp
):
#include <Rcpp.h>
RcppExport SEXP foo( SEXP x, SEXP y){
Rcpp::NumericVector xx(x), yy(y) ;
int n = xx.size() ;
Rcpp::NumericVector res( n ) ;
double x_ = 0.0, y_ = 0.0 ;
for( int i=0; i<n; i++){
x_ = xx[i] ;
y_ = yy[i] ;
if( x_ < y_ ){
res[i] = x_ * x_ ;
} else {
res[i] = -( y_ * y_) ;
}
}
return res ;
}
lo intento
$ R CMD SHLIB foo.cpp
/opt/local/bin/g++-mp-4.4 -I/opt/local/lib/R/include -I/opt/local/lib/R/include/x86_64 -I/opt/local/include -fPIC -pipe -O2 -m64 -c foo.cpp -o foo.o
foo.cpp:1:18: error: Rcpp.h: No such file or directory
foo.cpp:3: error: 'RcppExport' does not name a type
make: *** [foo.o] Error 1
¿Cómo incluyo este archivo y es esta la forma correcta de compilar una función independiente con RCPP? Por supuesto, he instalado RCPP con install.packages('Rcpp')
.
Actualizar:Tratando de encontrar la ubicación de RCPP.H en RI Get:
> system.file("lib", "Rcpp.h", package="Rcpp")
[1] ""
>
Sin embargo,
> Rcpp:::LdFlags()
/opt/local/lib/R/library/Rcpp/lib/x86_64/libRcpp.a>
Actualización 2:
Mirando a http://www.mail-archive.com/r-help@r-project.org/msg79185.html, Lo intenté
$ PKG_CPPFLAGS=`Rscript -e 'Rcpp:::CxxFlags()'` \
> PKG_LIBS=`Rscript -e 'Rcpp:::LdFlags()'` \
> R CMD SHLIB foo.cpp
/opt/local/bin/g++-mp-4.4 -I/opt/local/lib/R/include -I/opt/local/lib/R/include/x86_64 -I/opt/local/lib/R/library/Rcpp/include -I/opt/local/include -fPIC -pipe -O2 -m64 -c foo.cpp -o foo.o
/opt/local/bin/g++-mp-4.4 -dynamiclib -Wl,-headerpad_max_install_names -undefined dynamic_lookup -single_module -multiply_defined suppress -L/opt/local/lib -o foo.so foo.o /opt/local/lib/R/library/Rcpp/lib/x86_64/libRcpp.a -L/opt/local/lib/R/lib/x86_64 -lR
y se generó foo.o
y foo.so
. ¿Cómo importo esto en R ahora?
Actualización 3:Entonces se puede cargar desde dyn.load
como
> dyn.load("foo.so")
> is.loaded("foo")
[1] TRUE
Se puede llamar con éxito como como
> .Call("foo",x=as.numeric(c(1,2,3)),y=as.numeric(c(4,5,6)))
[1] 1 4 9
Aunque la función no es visible como tal.
> foo
Error: object 'foo' not found
No hay solución correcta
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