MySQL - Cambiar ft_min_word_len

Question

Recientemente le pedí a mi administrador del servidor, para mi servidor dedicado de Windows, que cambie el archivo de configuración MySQL (my.cnf) que permita palabras de búsqueda de 2 caracteres o más, desde el valor predeterminado de 4.

Dijeron que lo cambiaron, reiniciaron MySQL y reiniciaron el servidor, pero no he visto cambios. He reconstruido los índices solo en las tablas que usa este script en particular, utilizando el método de la tabla de reparación pero aún no funciona como debería.

¿Tengo que reconstruir todos los índices, en todas las tablas, a pesar de que no se están utilizando para esta consulta de texto completo?

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¿Es esto correcto? ¿Después de buscar en mi servidor los archivos my.ini? 5.0 es mi última versión.