R detección de Blas versión

Question

Es allí una manera de detectar la versión de BLAS que R está utilizando desde el interior de R?Estoy usando Ubuntu, y tengo un par de BLAS versiones instaladas - yo no sé lo que es un "activo" de R del punto de vista!

Soy consciente de http://r.789695.n4.nabble.com/is-Rs-own-BLAS-td911515.html donde Brian Ripley dijo en junio de 2006, que no fue posible -, pero han cambiado las cosas?

Answer 1

Creo que no se puede.R será construido en contra de la BLAS interfaz, y R de sí mismo no se que paquete proporciona la biblioteca real.

Sólo se pueden mirar ldd de salida.En mi servidor, esto apunta a Atlas

edd@max:~$ ldd /usr/lib/R/bin/exec/R
    linux-vdso.so.1 =>  (0x00007fffc8ddb000)
    libR.so => /usr/lib/libR.so (0x00007f8be940c000)
    libpthread.so.0 => /lib/x86_64-linux-gnu/libpthread.so.0 (0x00007f8be91ef000)
    libc.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6 (0x00007f8be8e4d000)
    libblas.so.3gf => /usr/lib/atlas-base/atlas/libblas.so.3gf (0x00007f8be88e4000)
    libm.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libm.so.6 (0x00007f8be8660000)
    libreadline.so.6 => /lib/libreadline.so.6 (0x00007f8be841d000)
    libpcre.so.3 => /lib/x86_64-linux-gnu/libpcre.so.3 (0x00007f8be81e1000)
    liblzma.so.2 => /usr/lib/liblzma.so.2 (0x00007f8be7fbf000)
    libz.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/libz.so.1 (0x00007f8be7da6000)
    librt.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/librt.so.1 (0x00007f8be7b9e000)
    libdl.so.2 => /lib/x86_64-linux-gnu/libdl.so.2 (0x00007f8be799a000)
    libgomp.so.1 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgomp.so.1 (0x00007f8be778b000)
    /lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x00007f8be99a5000)
    libgfortran.so.3 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgfortran.so.3 (0x00007f8be7475000)
    libgcc_s.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/libgcc_s.so.1 (0x00007f8be725f000)
    libtinfo.so.5 => /lib/libtinfo.so.5 (0x00007f8be7037000)
    libquadmath.so.0 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libquadmath.so.0 (0x00007f8be6e01000)
edd@max:~$ 

lo cual tiene sentido ya que esto BLAS-ofreciendo paquetes obtiene la más alta prioridad por los paquetes de Debian.

Answer 2

Respuesta parcial para Linux si se instala LSOF.

# on a system using openblas:
> grep('blas', system2('lsof', c('-p', Sys.getpid()), stdout=TRUE), value = TRUE)
[1] "R       282 docker  mem    REG   0,52 29998440     233 /usr/lib/libopenblasp-r0.2.12.so"


# on a system using R internal Blas:
> grep('blas', system2('lsof', c('-p', Sys.getpid()), stdout=TRUE), value = TRUE)
[1] "R       157 docker  mem    REG   0,44   180936     3105 /usr/local/lib/R/lib/libRblas.so"

Answer 3

Esta solución funciona si es suficiente para que usted sepa en qué camino se puede encontrar la biblioteca BLAS.Por ejemplo, utilizo esta solución para decidir si desea cargar las bibliotecas de paquetes para la versión "Normal" R o la versión OpenBlas.

Por supuesto, no puede saber dónde almacenan otras bibliotecas, por lo que para su uso en un paquete o código compartido no es adecuado.Pero por mantenimiento propio se puede utilizar:

extSoftVersion()["BLAS"]
## [1] "/the/path/to/your/libblas.so"

Answer 4

en r, tipo:

sessionInfo()

que debe darte una entre otras cosas, la Blas también se usa.

Por ejemplo, en mi máquina obtengo:

Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu 18.04.3 LTS

Matrix products: default
BLAS:   /usr/lib/x86_64-linux-gnu/openblas/libblas.so.3
LAPACK: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libopenblasp-r0.2.20.so

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C               LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8     LC_MONETARY=en_US.UTF-8   
 [6] LC_MESSAGES=en_US.UTF-8    LC_PAPER=en_US.UTF-8       LC_NAME=C                  LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_3.6.1    Matrix_1.2-17     tools_3.6.1       Rcpp_1.0.2        grid_3.6.1        data.table_1.12.2 packrat_0.5.0     lattice_0.20-38  
[9] stm_1.3.3