camino correcto para crear una tabla dinámica en PostgreSQL usando CASO CUANDO

Question

Estoy tratando de crear una vista de tipo de tabla dinámica en PostgreSQL y estoy casi allí! Ésta es la consulta básica:

select 
acc2tax_node.acc, tax_node.name, tax_node.rank 
from 
tax_node, acc2tax_node 
where 
tax_node.taxid=acc2tax_node.taxid and acc2tax_node.acc='AJ012531';

Y los datos:

   acc    |          name           |     rank     
----------+-------------------------+--------------
 AJ012531 | Paromalostomum fusculum | species
 AJ012531 | Paromalostomum          | genus
 AJ012531 | Macrostomidae           | family
 AJ012531 | Macrostomida            | order
 AJ012531 | Macrostomorpha          | no rank
 AJ012531 | Turbellaria             | class
 AJ012531 | Platyhelminthes         | phylum
 AJ012531 | Acoelomata              | no rank
 AJ012531 | Bilateria               | no rank
 AJ012531 | Eumetazoa               | no rank
 AJ012531 | Metazoa                 | kingdom
 AJ012531 | Fungi/Metazoa group     | no rank
 AJ012531 | Eukaryota               | superkingdom
 AJ012531 | cellular organisms      | no rank

Lo que estoy tratando de conseguir es la siguiente:

acc      | species                  | phylum
AJ012531 | Paromalostomum fusculum  | Platyhelminthes

Estoy tratando de hacer esto con caso cuando, por lo que tengo en cuanto a lo siguiente:

select 
acc2tax_node.acc, 
CASE tax_node.rank WHEN 'species' THEN tax_node.name ELSE NULL END as species, 
CASE tax_node.rank WHEN 'phylum' THEN tax_node.name ELSE NULL END as phylum 
from 
tax_node, acc2tax_node 
where 
tax_node.taxid=acc2tax_node.taxid and acc2tax_node.acc='AJ012531';

Lo que me da la salida:

   acc    |         species         |     phylum      
----------+-------------------------+-----------------
 AJ012531 | Paromalostomum fusculum | 
 AJ012531 |                         | 
 AJ012531 |                         | 
 AJ012531 |                         | 
 AJ012531 |                         | 
 AJ012531 |                         | 
 AJ012531 |                         | Platyhelminthes
 AJ012531 |                         | 
 AJ012531 |                         | 
 AJ012531 |                         | 
 AJ012531 |                         | 
 AJ012531 |                         | 
 AJ012531 |                         | 
 AJ012531 |                         | 

Ahora sé que tengo al grupo por el CAC en algún momento, así que intente

select 
acc2tax_node.acc, 
CASE tax_node.rank WHEN 'species' THEN tax_node.name ELSE NULL END as sp, 
CASE tax_node.rank WHEN 'phylum' THEN tax_node.name ELSE NULL END as ph 
from 
tax_node, acc2tax_node 
where 
tax_node.taxid=acc2tax_node.taxid and acc2tax_node.acc='AJ012531' 
group by acc2tax_node.acc;

Pero consigo la temida

ERROR:  column "tax_node.rank" must appear in the GROUP BY clause or be used in an aggregate function

Todos los ejemplos anteriores que he sido capaz de encontrar un uso algo así como SUM () alrededor de las instrucciones CASE, así que supongo que es la función de agregado. He intentado usar primero ():

select 
acc2tax_node.acc, 
FIRST(CASE tax_node.rank WHEN 'species' THEN tax_node.name ELSE NULL END) as sp, 
FIRST(CASE tax_node.rank WHEN 'phylum' THEN tax_node.name ELSE NULL END) as ph 
from tax_node, acc2tax_node where tax_node.taxid=acc2tax_node.taxid and acc2tax_node.acc='AJ012531' group by acc2tax_node.acc;

pero obtener el error:

ERROR:  function first(character varying) does not exist

¿Alguien puede ofrecer alguna pista?

Answer 1

Uso MAX () o MIN (), no en primer lugar (). En este escenario, tendrá todos los valores NULL en la columna por cada valor de grupo a excepción de, a lo sumo, uno con un valor no nulo. Por definición, esto es a la vez el MIN y MAX de ese conjunto de valores (todos los valores nulos se excluyen).

Answer 2

PostgreSQL tiene un par de funciones para las consultas de pivote, consulte este artículo en Postgresonline . Puede encontrar estas funciones en el contrib .

Answer 3

SELECT  atn.acc, ts.name AS species, tp.name AS phylum
FROM    acc2tax_node atn
LEFT JOIN
        tax_node ts
ON      ts.taxid = atn.taxid
        AND ts.rank = 'species'
LEFT JOIN
        tax_node tp
ON      tp.taxid = atn.taxid
        AND tp.rank = 'phylum'
WHERE   atn.acc = 'AJ012531 '

Answer 4

Más información conforme a lo solicitado (en una respuesta más que un comentario para el formato agradable):

SELECT * FROM acc2tax_node WHERE acc = 'AJ012531';

   acc    | taxid  
----------+--------
 AJ012531 |  66400
 AJ012531 |  66399
 AJ012531 |  39216
 AJ012531 |  39215
 AJ012531 | 166235
 AJ012531 | 166384
 AJ012531 |   6157
 AJ012531 |  33214
 AJ012531 |  33213
 AJ012531 |   6072
 AJ012531 |  33208
 AJ012531 |  33154
 AJ012531 |   2759
 AJ012531 | 131567

Answer 5

Ejecutar:

SELECT report.* FROM crosstab(
 select 
 acc2tax_node.acc, tax_node.name, tax_node.rank 
 from 
 tax_node, acc2tax_node 
 where 
 tax_node.taxid=acc2tax_node.taxid and acc2tax_node.acc='AJ012531';
) AS report(species text, enus text, family text, ...)

Answer 6

Como Matthew Wood señaló, utilizar MIN () o MAX (), no en primer lugar ():

SELECT 
    an.acc, 
    MAX(
        CASE tn.rank 
            WHEN 'species' THEN tn.name 
            ELSE NULL 
        END
    ) AS species, 
    MAX(
        CASE tn.rank 
            WHEN 'phylum' THEN tn.name 
            ELSE NULL 
        END
    ) AS phylum 
FROM tax_node tn, 
    acc2tax_node an
WHERE tn.taxid = an.taxid 
    and an.acc = 'AJ012531' 
GROUP by an.acc;