Representar gráficamente los resultados de imputación múltiple

Question

Me han completado con éxito una imputación múltiple de los datos que faltan de mi investigación cuestionario utilizando el paquete de MICE en I y se realizó una regresión lineal de las variables imputadas agrupados. Me parece que no puede encontrar la manera de extraer las variables agrupadas individuales y la trama en un gráfico. Algunas ideas?

por ejemplo.

>imp <- mice(questionnaire) 
>fit <- with(imp, lm(APE~TMAS+APB+APA+FOAP))  
>summary(pool(fit))  

Quiero parcela agruparon APE por TMAS.

Ejemplo reproducible utilizando NHANES:

> library(mice)
> nhanes
> imp <-mice(nhanes)
> fit <-with(imp, lm(bmi~chl+hyp))
> fit
> summary(pool(fit))

Me gustaría trazar CHL agrupada contra bmi agrupadas (por ejemplo).

El mejor que he podido lograr es

> mat <-complete(imp, "long")
> plot(mat$chl~mat$bmi)

Lo que creo que da la trama combinado de los 5 imputaciones y no es exactamente lo que estoy buscando (creo).

Answer 1

los with.mids subyacentes () permite la regresión puede llevar a cabo en cada trama de datos imputada. Por lo que no es una regresión, pero 5 regresiones que sucedieron. piscina () sólo promedios de los coeficientes estimados y ajusta las varianzas para la inferencia estadística de acuerdo a la cantidad de imputación.

Así que no son solo las variables agrupadas a la trama. Lo que podría hacer es la media de los 5 conjuntos imputados y volver a crear una especie de "línea de regresión" en base a los coeficientes agrupados, por ejemplo:

# Averaged imputed data
combchl <- tapply(mat$chl,mat$.id,mean)
combbmi <- tapply(mat$bmi,mat$.id,mean)
combhyp <- tapply(mat$hyp,mat$.id,mean)

# coefficients
coefs <- pool(fit)$qbar

# regression results
x <- data.frame(
        int = rep(1,25),
        chl = seq(min(combchl),max(combchl),length.out=25),
        hyp = seq(min(combhyp),max(combhyp),length.out=25)
      )

y <- as.matrix(x) %*%coefs


# a plot
plot(combbmi~combchl)
lines(x$chl,y,col="red")